Tomari Hinowa is een normale middelbare scholier, totdat hij op een dag te horen krijgt dat hij de vrouw moet worden van een mysterieus wezen genaamd Kanenogi. Dit is het begin van hun pasgetrouwde leven.
In september 1944, nadat het 501st Joint Fighter Wing Strike Witches squadron de Neuroi-dreiging boven Gallia had geneutraliseerd en West-Europa had bevrijd, begonnen de geallieerde troepen een tegenaanval in Midden- en Oost-Europa. De hoop van de mensheid ligt nu op de 502nd Joint Fighter Wing – de Brave Witches. Vanuit Petersburg in het Orussische rijk lanceren deze tien heksen hun offensief onder de koude hemel van Oost-Europa.
Drie jaar zijn verstreken sinds de strijd met het White Comet Empire. President Dessler, die op zoek is naar een nieuwe moederster om het stervende Gamilas-volk te redden, vindt in een deel van het Melkwegstelsel een ster die aan de voorwaarden voldoet. Maar het bevond zich op het grondgebied van een machtige interstellaire natie. Bij het territoriale geschil dat in de Melkweg uitbrak, is onvermijdelijk de aarde betrokken, die een veiligheidsverdrag heeft met Gamilas. De magie van de tijdfout, die de aarde militaire en economische voordelen opleverde, is verdwenen in ruil voor hun eigen leven. Susumu Kodai vertrekt met de nieuwe bemanning op een trainingsreis ter voorbereiding op een naderende noodsituatie. Zonder te weten dat iemand die op zichzelf mikt, er middenin zit. Yamato staat op het punt een nieuwe reis te ondernemen in een tijdperk van ongekende angst. Onderweg wacht een onvoorstelbare nieuwe vijand...
Laharl, de demonenprins van de onderwereld en zoon van wijlen Lord Krichevskoy, wordt gewekt door Flonne, de suikerzoete engel-in-opleiding die is gestuurd om de opperheer te vermoorden. De Etna, de Prinnies en Flonne sluiten zich aan bij de egoïstische, ontevreden en voortdurend hongerige Laharl terwijl hij door de diepste, donkerste rijken trekt om koning van het vervloekte land te worden.
Koma Jinguji staat bij iedereen bekend als de intelligente en knappe schoolbestuursvoorzitter Jay. Met zijn glimlach laat hij ieder hart sneller kloppen. Maar dat is precies wat Tsubasa Hayakawa voor elkaar krijgt: de jongeman werkt parttime als verkoper in een café en laat elke vrouwelijke klant glimlachen als ze zijn melkschuimkunst in hun kopjes zien.
Maar hoe gemakkelijk de twee mannen het ook lijken te hebben, ze moeten zich buiten hun dagelijks leven als zogenaamde butlers bewijzen. Ze reizen door de tijd om hun aartsvijand te bevechten en raken verstrikt in een of twee bovennatuurlijke veldslagen. Jay en Tsubasa hebben het niet gemakkelijk om hun leven in balans te houden.