 | The Georgetown Project (2024) |
 | The Lavender Scare (2019) als Dr. Franklin E. Kameny (voice) |
 | Must See TV: An All Star Tribute to James Burrows (2016) als Self |
 | Hurricane of Fun: The Making of Wet Hot (2015) als Himself |
 | Vanya and Sonia and Masha and Spike (2012) als Vanya |
 | Sondheim! The Birthday Concert (2010) als Himself/Host |
 | The Perfect Host (2010) als Warwick Wilson |
 | Forever Plaid (2009) als The Narrator |
 | Stingray Sam (2009) als Narrator |
 | Monty Python Conquers America (2008) als Self |
 | The Amazing Screw-On Head (2006) als Emperor Zombie (voice) |
 | World's Greatest Stand Up: Volume One (2006) als self |
 | Celebrity Mix (2005) als Self (archive footage) |
| | Frasier: Analyzing the Laughter (2004) als Niles Crane |
 | Hellboy (2004) als Abe Sapien (voice) (uncredited) |
 | Down with Love (2003) als Peter MacMannus |
| | The Shakespeare Sessions (2003) |
 | Treasure Planet (2002) als Doctor Doppler (voice) |
 | Full Frontal (2002) als Carl |
| | Laud Weiner (2002) als Laud Weiner |
 | Osmosis Jones (2001) als Drix (voice) |
 | Wet Hot American Summer (2001) als Henry |
 | On The Edge (2001) als Barney (segment "Happy Birthday") |
 | Chain of Fools (2001) als Mr. Kerner |
 | The Tangerine Bear: Home in Time for Christmas! (2000) als Bird (voice) |
 | Isn't She Great (2000) als Michael Hastings |
 | The Mating Habits of the Earthbound Human (1999) als The Narrator |
 | Jackie's Back! (1999) als Perry (The Deaf Rehearsal Pianist) |
 | A Bug's Life (1998) als Slim (voice) |
 | Star Trek: 30 Years and Beyond (1996) als Niles Crane |
 | Nixon (1995) als John Dean |
 | The World of James Bond (1995) |
 | Wolf (1994) als Roy McCallister |
 | Addams Family Values (1993) als Delivery Room Doctor |
 | Sleepless in Seattle (1993) als Dennis Reed |
 | The Fisher King (1991) als Lou Rosen |
 | Little Man Tate (1991) als Garth Emmerick |
 | Vampire's Kiss (1988) als Theater Guy |
 | The Appointments of Dennis Jennings (1988) als Businessman |
 | Rocket Gibraltar (1988) als Monsieur Henri |
 | Crossing Delancey (1988) als Mark |
 | Bright Lights, Big City (1988) als Bartender at Fashion Show |
 | Moving Violations (1985) als Immigration Officer |
 | Sky Blossom Executive Producer |
| | Sondheim! The Birthday Concert Writer |