 | In the Grey (2025) |
 | Road House (2024) als Elwood Dalton |
 | Guy Ritchie's The Covenant (2023) als Master Sergeant John Kinley |
 | Strange World (2022) als Searcher Clade (voice) |
 | Spider-Man: All Roads Lead to No Way Home (2022) als Self (archive footage) |
 | Ambulance (2022) als Danny Sharp |
 | Spider-Man: No Way Home (2021) als Mysterio / Quentin Beck (archive footage) (uncredited) |
 | The Guilty (2021) als Joe Baylor |
 | Spirit Untamed (2021) als Jim Prescott (voice) |
 | One Night Only: The Best of Broadway (2020) als Self |
 | The Great Work Begins: Scenes from Angels in America (2020) als Himself |
 | Take Me to the World: A Sondheim 90th Birthday Celebration (2020) als Self - Performer |
 | John Mulaney & The Sack Lunch Bunch (2019) als Mr. Music |
 | Spider-Man: Far From Home (2019) als Quentin Beck / Mysterio |
 | Velvet Buzzsaw (2019) als Morf Vandewalt |
 | Wildlife (2018) als Jerry Brinson |
 | The Sisters Brothers (2018) als John Morris |
 | Great Performers: Horror Show (2017) als The Damned |
 | Stronger (2017) als Jeff Bauman |
 | Okja (2017) als Dr. Johnny Wilcox |
 | Life (2017) als Dr. David Jordan |
 | Deus ex Machina: The Philosophy of 'Donnie Darko' (2016) als Self |
 | Nocturnal Animals (2016) als Edward Sheffield / Tony Hastings |
 | Everest (2015) als Scott Fischer |
 | Demolition (2015) als Davis Mitchell |
 | Southpaw (2015) als Billy 'The Great' Hope |
 | Accidental Love (2015) als Howard Birdwell |
 | Nightcrawler (2014) als Louis Bloom |
 | Lucid Dreams: The Making of Enemy (2014) als Self |
 | Enemy (2014) als Adam Bell / Anthony Claire |
 | Prisoners (2013) als Detective Loki |
 | End of Watch (2012) als Brian Taylor |
| | The Shoes: Time to Dance (2012) |
 | Source Code (2011) als Colter Stevens |
 | Love & Other Drugs (2010) als Jamie Randall |
 | Prince of Persia: The Sands of Time (2010) als Prince Dastan |
| | Jake Gyllenhaal Challenges the Winner of the Nobel Peace Prize (2010) als Donnie Darko / Anthony Swafford (archive footage) |
 | Brothers (2009) als Tommy Cahill |
 | Heath Ledger: A Tribute (2009) als Self |
 | Saturday Night Live: The Best of Amy Poehler (2009) als Frank O'Connor (archive footage) |
 | Rendition (2007) als Douglas Freeman |
 | Zodiac (2007) als Robert Graysmith |
 | Jarhead (2005) als Anthony Swofford |
 | Brokeback Mountain (2005) als Jack Twist |
 | Proof (2005) als Harold 'Hal' Dobbs |
 | Jiminy Glick in Lalawood (2005) als Jake Gyllenhaal |
 | The Man Who Walked Between the Towers (2005) |
 | Donnie Darko: Production Diary (2004) als Self |
 | The Day After Tomorrow (2004) als Sam Hall |
 | Abby Singer (2003) als Self (uncredited) |
 | Moonlight Mile (2002) als Joe Nast |
 | Highway (2002) als Pilot Kelson |
 | The Good Girl (2002) als Holden Worther |
 | Lovely & Amazing (2001) als Jordan |
 | Bubble Boy (2001) als Jimmy Livingston |
 | Donnie Darko (2001) als Donnie Darko |
 | October Sky (1999) als Homer Hickam |
 | Homegrown (1998) als Jake |
 | Josh and S.A.M. (1993) als Leon Coleman |
 | A Dangerous Woman (1993) als Edward |
 | City Slickers (1991) als Danny Robbins |
 | Oblivion Song als Nathan Cole |
 | Prophet als John Prophet |
 | Francis and The Godfather als Robert Evans |
| | Snow Blind |
| | The Anarchists vs ISIS |
| | The Division |
| | Cut and Run |
| | Rio |
 | Reality Thanks |
| | The Guilty Producer |
 | Breaking News in Yuba County Producer |
 | Joe Bell Executive Producer |
 | The Devil All the Time Producer |
 | Relic Producer |
 | Running with Beto Thanks |
| | Wildlife Producer |
 | Hondros Executive Producer |
| | Stronger Producer |
 | A Bigger Splash Thanks |
| | Nightcrawler Producer |
 | Break Point Thanks |
| | End of Watch Executive Producer |
| | Jiminy Glick in Lalawood Thanks |
| | Oblivion Song Producer |
| | Prophet Producer |
 | Finding the Mother Tree Producer |
| | Theater of War Producer |
| | Annie Mae Producer |
| | The Last Ride of Cowboy Bob Producer |
| | Cut and Run Producer |
| | Rio Producer |
 | Fun Home Producer |
| | Gilded Rage Producer |