We zitten in het jaar 2314, 2 jaar nadat de A-LAWs zijn verslagen. De New Earth Federation heeft vrede proberen te realiseren via de afschaffing van wapens op de planeet. Een lang vergeten ruimteschip dat naar Jupiter was gestuurd 130 jaar geleden komt terug zonder een schijnbaar teken van leven. Maar ondertussen zit er een nieuwe buitenaardse bedreiging aan boord; de Extraterrestrial Living-metal Shapeshifters (ELS). De Celestial Being komt terug om de aarde en de mensheid tegen deze nieuwe dreiging te beschermen.
Het dodelijke Medusavirus, dat zijn slachtoffers versteent, overspoelt de hele wereld. De autoriteiten slagen er niet in om een remedie te vinden en besluiten een aantal mensen in vriesslaap te brengen in afwachting van een geneesmiddel. De jonge Kasumi is een van de 160 uitverkorenen. Ze wordt naar het Cold Sleep Capsule Center gebracht, een reusachtige crypte binnenin een oud kasteel. Kasumi hoopt dat ze bij het ontwaken haar tweelingzus Shizuku zal kunnen terugzien, ook al werd deze aangetast door het Medusa virus. Wanneer Kasumi en de anderen wakker worden, merken ze dat hun omgeving drastisch is veranderd.
In het jaar 2044 na Christus heeft de mensheid haar verkenning van de ruimte opgevoerd en de sterren bereikt door het wonder van ROBOTECHNOLOGIE, maar niet zonder een intergalactische oorlog over de aarde zelf te brengen. Helden zullen sterven en loyaliteiten zullen verschuiven. Maar te midden van de strijd zal er misschien vrede ontstaan door de verkoolde overblijfselen van de gehavende geschiedenis. Een van de grootste sciencefiction-saga's aller tijden gaat verder...
Het is een jaar geleden dat de oorlog tussen de Aarde en de koloniën voorbij is. Heero, Duo, Trowa en Quatre doen afstand van hun Gundams en schieten deze naar de zon. Net als de Gundam Pilots zich hebben aangepast aan vrede op Aarde, wordt Relena Darlain ontvoerd en een nieuwe bedreiging ontstaat, onderleiding van Marimeia Kushrenada. Om het nog gecompliceerder te maken is Wufei in zee gegaan met deze fractie. De Gundam-piloten moeten achter hun Gundams aan en opnieuw de strijd aangaan, voordat Marimeia's troepen erin slagen hun lust voor totale overheersing te verwezenlijken.
"Meikyû Monogatari" omvat drie verschillende verhalen. In 'Labyrinth Labyrinth' vertrekt een meisje samen met haar kat naar een parallelle wereld via een spiegel; 'Running Man' vertelt het verhaal van een coureur die al 10 tien jaar lang aan levensgevaarlijk races meedoet; en 'The Order To Stop Construction' gaat over een Japanse uitvoerder die naar een regenwoud wordt gestuurd om een project, waar mens en robot werkzaam zijn, te sluiten.