Kiki is een heks die net 13 jaar oud is geworden. Zoals altijd bij heksen gaat ze op haar 13e weg van huis om zelfstandig te worden. Als ze eenmaal een stad heeft gevonden waar ze wil gaan wonen merkt ze dat het lastig is om zich daar te vestigen en haar beroep uit te oefenen.
Seita en Setsuko zijn broer en zus tijdens de Tweede Wereldoorlog in Japan. Nadat hun vader is gestorven tijdens een overzees gevecht en hun moeder is gedood door een luchtaanval, moeten ze naar andere familieleden toe om gesteund te worden. Als die steun op een gegeven moment ook bij hen weggenomen wordt zijn ze alleen nog afhankelijk van elkaar om te zorgen voor onderdak en eten.
Twee meisjes verhuizen met hun vader naar het platteland om in de buurt te zijn van het verpleegtehuis waar hun moeder ligt. Satsuki en Mei ontdekken dat het nabijgelegen bos bevolkt is door wonderlijke wezens.
Het verhaal gaat over Sheeta, een meisje met een mysterieuze steen. Ze wordt achterna gezeten door piraten en het leger. Met behulp van de steen kan men namelijk Laputa vinden. Laputa is een legendarische stad die in de lucht zou zweven.
In de toekomst is de aarde door de mensheid verwoest. Slechts een klein deel van de mensheid heeft de verwoesting overleefd. In de vallei van de wind leeft de prinses Nausicaa. Zij probeert de giftige jungle te begrijpen in plaats van te vernietigen.
Een futuristisch cruiseschip met een bemanning van robots is klaar voor zijn eerste vlucht. Een jongen volgt zijn nieuwsgierige hond aan boord van het schip, maar dan vertrekt het schip. De robots zien de jongen als een blinde passagier en proberen hem van het vliegende schip te krijgen.