Op een dag wordt een stad vernietigd. Takuya, een eenzame koerier, ontmoet de enige overlevende van de ramp, Yuki. Nadat ze een bericht hadden ontvangen van Yuki's vader, met wie ze het contact had verloren, gingen ze samen op weg naar de vermiste stad. Maar een onverwacht obstakel staat voor hen en Yuki moet een verpletterende realiteit onder ogen zien. Terwijl ze overweldigd worden door de gevoelens van de verdwenenen, krijgen ze te maken met een mysterieuze organisatie die in de schaduw opereert en moeten ze een complot verijdelen. Takuya en Yuki leren elkaar kennen tijdens deze reis die hen dichter bij het mysterie van de verdwenen stad brengt.
Toen Kang Bok-Soo een middelbare scholier was, werd hij valselijk beschuldigd van het plegen van geweld en van school gestuurd. Dit werd veroorzaakt door zijn eerste liefde Son Soo-Jung en een mannelijke student Oh Se-Ho. Kang Bok-Soo is inmiddels volwassen, maar zijn leven verloopt niet soepel. Om wraak te nemen op Son Soo-Jung en Oh Se-Ho, keert hij als student terug naar dezelfde middelbare school. De omgeving op de school is veranderd en Kang Bok-Soo raakt betrokken bij onverwachte zaken.
CLAMP School heeft de omvang en middelen van een kleine stad. Elke student met talent, ongeacht zijn rijkdom, wordt graag toegelaten tot deze geweldige faciliteit. Van de kleuterschool tot en met de graduate school is het nergens ter wereld ongeëvenaard. Nokoru Imonoyama, voorzitter van de studentenraad van de basisschoolafdeling, evenals de penningmeester, Akira Ijūin, en secretaris, Suō Takamura, zijn drie van de meest geliefde en verafgood studenten op school. Nokoru besluit dat hij en zijn twee vrienden een detectivedienst gaan starten, waarbij ze elk mysterie of elke misdaad, groot of klein, gaan oplossen. Maar omdat Nokoru een beetje theatraal en een schaamteloze romanticus is, verklaart hij dat deze rechercheurs zich zullen concentreren op het helpen van vooral meisjes en vrouwen. Met alle middelen die de school tot hun beschikking heeft, zijn de CLAMP-schooldetectives op een missie om jonkvrouwen in nood te helpen.
Kingdom is een ziekenhuis waarvan de bizarre bevolking bestaat uit een briljante chirurg die in de kelder woont, een bijna blinde bewaker en een verpleegster die regelmatig flauwvalt bij het zien van bloed. Maar wanneer patiënten en personeel de stem horen van een huilend meisje door de gangen en een patiënt die voorbestemd is voor het leven als een dwarslaesie op miraculeuze wijze herstelt, wijzen ze elke suggestie van mystiek of onzichtbare krachten af... op eigen risico.