Nichijou staat voor "Mijn gewone leven", maar je kunt verre van de typische schoolroutine verwachten, maar eerder het tegenovergestelde. De anime speelt zich af op een school waar het kan gebeuren dat de directeur worstelt met een hert of de klasgenoot een robot is met een opwindsleutel op zijn rug. Maar het is niet altijd zo diepzinnig, want ook echt gewone dingen komen aan bod, zoals het bouwen van kaartenhuizen of de angst voor een tentamen waarvoor je niet hebt gestudeerd.
Shikimori lijkt de perfecte vriendin: schattig, leuk om in de buurt te hebben, lief als ze dat wil... maar ze heeft een coole, donkere kant die onder de juiste omstandigheden naar voren komt. En haar vriend Izumi is er graag bij als dat gebeurt!
Minato is een jongen die gestopt is met waterpolo vanwege een bepaald incident in de winter van zijn derde middelbare schooljaar. Hij pakt de sport weer op met een nieuw team als hij op de middelbare school begint, maar het jonge team stuit op veel problemen.
Het verhaal speelt zich af in het jaar 1937, aan de vooravond van de Tweede Wereldoorlog, en gaat over een mysterieuze spionageopleidingsorganisatie die bekend staat als de 'D Agency'. De organisatie is opgericht door luitenant-kolonel Yuuki van het keizerlijke Japanse leger. Zijn idealen brachten hem ertoe mensen te rekruteren die verder gingen dan alleen afgestudeerden van de militaire academie en personeel, terwijl hij hen opleidde tot bekwame agenten in de kunst van manipulatie. Deze agenten zouden een gespecialiseerd team worden om operaties uit te voeren. Eén van die antiheldenagenten, genaamd Jirou Gamou, gaat op een aangrijpende missie om geheime documenten met de titel 'Black Notes' te ontdekken, terwijl hij strijdt tegen krachten van binnen en buiten zijn eigen gelederen.
Op 16 augustus, halverwege een schijnbaar eindeloze zomervakantie, worden derdejaars middelbare scholier Nagara, de mysterieuze transferstudent Nozomi en klasgenoten als Mizuho en Asakaze plotseling getransporteerd van hun rustige dagelijkse leven naar een school die op drift is in een alternatieve dimensie. . Ze moeten overleven met de superkrachten die in hen zijn ontwaakt.
5012: Aliens landden plotseling op aarde. De mechanische levensvormen die zij creëerden brachten de mensheid op de rand van uitsterven. Een klein aantal mensen lanceerde een krachtig tegenoffensief met Android-soldaten, maar de strijd bereikte een patstelling vanwege de zich eindeloos vermenigvuldigende machinale levensvormen. Als het ultieme wapen stuurt de mensheid een nieuwe Android YoRHa-eenheid genaamd 2B. Tijdens een missie werkt ze samen met 9S en komt ze een reeks mysterieuze verschijnselen tegen.
Oreki Houtarou is een minimalistische middelbare scholier. Op een dag wordt hij op verzoek van zijn oudere zus lid van de Classic Literature Club. Daar ontmoet hij Chitanda Eru, Fukube Satoshi en Ibara Mayaka. Chitanda is een kalm, mooi meisje, maar ze verandert in een belichaming van nieuwsgierigheid zodra ze zegt: 'Ik ben nieuwsgierig.' Fukube is een glimlachende jongen met een fantastisch geheugen die zichzelf een database noemt. Ibara is een klein meisje en is streng tegenover anderen en zichzelf. Ze beginnen een zaak te onderzoeken die 45 jaar geleden heeft plaatsgevonden. Hints van het mysterie zijn begraven in een oude collectie werken van de voormalige leden van Classics Club. De collectie is getiteld 'Hyouka.'
Plezier maken op school, samen huiswerk maken, koken en eten, videogames spelen, anime kijken. Al die kleine dingen vormen het dagelijkse leven van de anime- en chocolade minnende Izumi Konata en haar vrienden.
Kyouma Mabuchi leeft in een wereld waar er geen energieproblemen meer zijn. In het jaar 2072 is het mogelijk om energie te oogsten via een netwerk van cross-dimensionale, elektrische veld inductoren bestaande uit schijnbaar oneindige bronnen. Dit worden spoelen genoemd. De bron is de dimensie W, het zogenaamde Vierde Niveau, dat voorbij de X-, Y- en Z-dimensies ligt. Maar ook in deze wereld is er niet alleen vrede, want er doen illegale coils de ronde. Op een dag, tijdens een bepaalde baan, ontmoet Kyouma een vreemde, mooie vrouw. Deze noodlottige ontmoeting opent de poorten naar Dimensie W.
Vanaf vandaag is Mitsumi eindelijk een middelbare scholier! Ze kwam van het platteland naar Tokio en hoewel ze altijd hard studeert, heeft ze moeite met interpersoonlijke communicatie omdat ze is opgegroeid in een dunbevolkt gebied. Ze kan ook niet echt wennen aan de nieuwe school, omdat ze andere dingen gewend is. De ongecompliceerde en onschuldige aanwezigheid van Mitsumi maakt haar echter blij zonder dat ze het beseft!
Kobato besluit een eerlijke, nederige burger te worden na een bittere ervaring te hebben doorstaan die bekend staat als 'wijsheidswerk'. Hij sluit een pact met Osanai, zijn klasgenoot met hetzelfde doel, en ze zijn van plan om naar de middelbare school te gaan en een rustig leven te leiden. Maar om de een of andere reden blijven er onverklaarbare gebeurtenissen en rampen om hen heen gebeuren. Zullen Kobato en Osanai er ooit in slagen om een gewoon, vredig leven te leiden?
Akane is onlangs gedumpt en staat op het punt te stoppen met het spel dat ze vroeger met haar vriend speelde, als ze Yamada ontmoet in dezelfde RPG. Yamada blijkt in het echte leven een beetje een legende te zijn. Het enige probleem is: hij is ALLEEN geïnteresseerd in het spel. Zal Yamada's focus op het spel blijven liggen naarmate de gevoelens van Akane groeien?
Wanneer de zomervakantie begint, denkt Haruka er alleen maar aan om rond te hangen met haar vrienden – totdat ze op een noodlottige avond ontdekt dat zij de sluitsteen is in een interdimensionale strijd om niet alleen de toekomst van de aarde, maar om het voortbestaan van al het bestaan in het multiversum.
Tijdens een concert van het populaire zangduo 'Zwei Wing' vallen monsters genaamd 'Noise' plotseling aan en beginnen het publiek te doden. Het meisje Hibiki ziet haar zekere dood al aankomen als Tsubasa en Kanade, de zangers van Zwei Wing, plotseling transformeren en tegen de monsters beginnen te vechten. Voor Hibiki zou deze dag een noodlottig keerpunt worden dat haar leven en toekomst voor altijd zou beïnvloeden.
In een drijvende stad waar de rijken zich ontdoen van hun afval, evenals hun ongewenste inwoners, wordt Rudo beschuldigd van moord en in de put gegooid waar gemuteerde wezens leven. Om te overleven moet hij een nieuwe kracht onthullen en zich bij de Cleaners voegen. Rudo wil niet alleen tegen de monsters vechten, maar ook tegen de corrupte mensen die hem in deze hel hebben gegooid.
Satsuki Amamiya is er kapot van omdat haar rolmodel van de fotoclub de school verlaat met haar A-levels. Haar beste vriendin An Kiriyama moedigt haar aan om nieuwe uitdagingen aan te gaan in de fotografieclub. Satsuki en An gaan op zoek naar een verloren camera, ontmoeten nieuwe gezichten en maken heel wat fenomenale foto- en video-opnames.