Tokio, 2030. In een buitenwijk is plotseling een hoogfrequente resonantie hoorbaar, en tegelijkertijd is de hele stad in een rode mist gehuld. Alle levende wezens die de geluiden horen, zowel mensen als dieren, verliezen het bewustzijn. Aangenomen wordt dat het fenomeen een ongeïdentificeerd virus is, dus uit angst voor een zich verspreidende epidemie is Tokio afgesloten van de rest van het land. Ongeveer zes maanden later worden alle mensen die het bewustzijn hebben verloren wakker alsof er nooit iets is gebeurd. Diezelfde dag vinden er echter vreemde incidenten plaats en wordt de stad overspoeld door een reeks wrede lotsbestemmingen.
Haru Yamato kijkt naar het kampioenschap van het WK U-18 en laat zich inspireren door de Japanse speler Tokinari Tenōji. Hij voegt zich bij het zaalvoetbalteam van de Koyo Academy High School met als doel een speler als Tenōji te worden. Daar vindt hij vrienden, en samen nemen ze het op tegen hun rivalen.
Het verhaal speelt zich af in een alternatieve wereld genaamd Geminar, waar landen eindeloze oorlogen hebben gevoerd met replica's van mensachtige Seikishi-wapens die ze in oude ruïnes hebben gevonden. De 15-jarige Kenshi Masaki, de halfbroer van Tenchi Muyo! hoofdrolspeler Tenchi Masaki wordt vanuit een andere wereld naar Geminar geroepen.
Het toneel van dit verhaal is de stad Mamkestell, die tot grote welvaart kwam door de energiebronnen van Kisa en de Kiseki -kristalvorm. Jonge vrouwen, genaamd 'heksen', leven in deze stad die Kisa en Kiseki gebruiken voor spreuken en melodieën om hun magie te oefenen. Met hun vaardigheden en zingen vechten ze tegen Monsters, wat hen een hoge reputatie bij de bevolking oplevert. In de meisjesschool, die werd opgericht door de heks worden jonge meisjes opgeleid als heksen. Wanneer Tiara op de poort van de heksenschool klopt, is het haar grootste droom om een uitstekende heks te worden. 'Ik wil echt leren op deze school en ... wat?!'
Na zijn vroegtijdige dood krijgt deze salarisman nog een kans op leven! Wanneer Luciel herboren wordt in een magisch nieuw land, wordt hij een genezer in de hoop een vredig leven te leiden. Hij komt er echter al snel achter dat genezer zijn een veel grotere uitdaging is dan hij had verwacht. Met een strenge en inspannende training in het vooruitzicht, blijkt dit nieuwe leven allesbehalve vredig te zijn.
Het is dertig jaar na het mislukken van het Ruimte kolonisatieprogramma. De mensheid is bijna uitgestorven. Een eeuwige en dodelijke regen valt op de aarde. Mannen die bekend staan als 'Junkers' plunderen goederen en artefacten uit de ruïnes van de beschaving. Eén zo'n Junker sluipt alleen de gevaarlijkste van alle ruïnes binnen: een 'Sarcofaag stad'. In het centrum van deze dode stad ontdekt hij een vooroorlogs planetarium. En als hij binnenkomt, wordt hij begroet door Hoshino Yumemi, een begeleidende robot. Zonder enige twijfel gaat ze ervan uit dat hij de eerste klant in dertig jaar is die ze heeft. Ze probeert hem meteen de sterren te laten zien, maar de planetarium projector is kapot. Omdat hij geen idee heeft van haar gesprek, stemt hij er uiteindelijk mee in om te proberen de projector te repareren...
Ooit gepest om haar uiterlijk, transformeert Jugyeong zichzelf met behulp van de kunst van make-up. Wanneer ze zich aansluit bij een nieuwe school met een True Beauty goddess-competitie, die winnaars de kans biedt om te worden gerekruteerd door entertainmentbureaus, wordt ze meteen een topkandidaat! Maar haar nieuwe identiteit staat op het spel wanneer hartenbreker Suho Lee per ongeluk haar blote gezicht ziet. Zal haar elitestatus van korte duur zijn?
Sana Hikada komt na 5 jaar uit Tokio terug naar zijn geboortestad om naar zijn school te gaan. Op weg naar zijn nieuwe appartement ontmoet hij een mooi meisje dat in een heiligdom werkt. De volgende dag op school komt hij erachter dat dit meisje Nanaka Yatsushiro is, een vriend uit de kindertijd, die nog steeds de armband draagt, die hij haar ooit tijdens een festival gaf.
Het 'Evil Corps', onder leiding van Don, is op een missie om het universum te veroveren. Ze willen eerst de aarde binnenvallen, maar ze worstelen met een aantal eigenzinnige aardbewoners die hen in de weg staan. Uiteindelijk wordt Don's plan om de aarde binnen te vallen vervormd...?!
ChäoS;Child vindt plaats in oktober 2015, zes jaar na de gebeurtenissen van ChäoS;HEAd. In het district Shibuya beginnen zich abnormale gebeurtenissen voor te doen, waaronder mysterieuze sterfgevallen.