Zijn vorige leven en huidige leven kruisen elkaar: een jongen met herinneringen aan twee levens staat voor zijn lot! Nadat zijn moeder op jonge leeftijd werd vermoord, vocht de wees Rio het hardst om te overleven in de sloppenwijken. Op een dag wordt hij wakker met de herinneringen aan Haruto Amakwa, die omkwam bij een ongeluk terwijl hij ervan droomde herenigd te worden met zijn jeugdvriend, en Rio beseft dat hij is gereïncarneerd in een wereld van zwaarden en tovenarij.
Tijdens een concert van het populaire zangduo 'Zwei Wing' vallen monsters genaamd 'Noise' plotseling aan en beginnen het publiek te doden. Het meisje Hibiki ziet haar zekere dood al aankomen als Tsubasa en Kanade, de zangers van Zwei Wing, plotseling transformeren en tegen de monsters beginnen te vechten. Voor Hibiki zou deze dag een noodlottig keerpunt worden dat haar leven en toekomst voor altijd zou beïnvloeden.
Het verhaal draait om Haruka Nanase, een jongen die er altijd van heeft gehouden om ondergedompeld te worden in water en erin te zwemmen. Voordat hij afstudeerde van de lagere school, nam hij deel aan een zwemtoernooi samen met zijn zwemclubleden, Makoto Tachibana, Nagisa Hazuki en Rin Matsuoka. Na het behalen van de overwinning ging elk van de jongens zijn eigen weg. De tijd verstreek en midden in hun rustige middelbare schoolleven verschijnt Rin en daagt Haruka uit voor een wedstrijd, waarbij hij Haruka zijn overweldigende kracht laat zien. Haruka wil niet dat het zo eindigt, en verzamelt Makoto en Nagisa opnieuw en brengt een nieuw lid genaamd Rei Ryugazaki mee om de Iwatobi High School Swimming Club op te richten om Rin te verslaan.
Fuutarou Uesugi is een arme, asociale topstudent die op een dag de rijke transferstudent Itsuki Nakano ontmoet. Ze maken ruzie, maar wanneer Uesugi beseft dat hij haar mentor moet worden, probeert hij betere voorwaarden te krijgen. Terwijl hij dat probeert, ontmoet hij vier andere meisjes.
Een geheim leven is het enige dat ze gemeen hebben. Op school is Hori een keurige en perfecte sociale vlinder, maar de waarheid is dat ze een onbezonnen huisvrouw is. Ondertussen verbergt Miyamura onder een sombere façade een zachtaardig hart, samen met piercings en tatoeages. Tijdens een toevallige ontmoeting onthullen ze allebei een kant die ze nog nooit hebben laten zien. Zou dit kunnen uitgroeien tot iets nieuws?
In het verhaal heeft Kagami Taiga zich net ingeschreven voor de Seirin High School als hij Kuroko Tetsuya van het basketbalteam van de school ontmoet. Kuroko is toevallig het schimmige zesde lid van het legendarische basketbalteam Generation of Miracles. Samen willen Kagami en Kuroko hun team naar het inter-high school kampioenschap brengen, tegen Kuroko's voormalige teamgenoten.
Puberteitssyndroom – een geruchten, mysterieus syndroom dat alleen mensen in de puberteit treft. Er verscheen bijvoorbeeld plotseling een konijnenmeisje voor Sakuta Azusagawa. De echte identiteit van het konijnenmeisje is Mai Sakurajima, een tienerberoemdheid die momenteel een inactieve middelbare scholier is. Om de een of andere reden weerspiegelt haar charmante figuur niet in de ogen van anderen. Terwijl Sakuta het mysterie achter dit fenomeen onthult, begint hij zijn gevoelens voor Mai te onderzoeken. Sakuta speelt zich af in een stad waar de lucht en de zee stralen en ontvouwt de betekenis achter zijn bizarre ontmoetingen met vrouwen met het genoemde syndroom.
Op een dag ontvangt Naho Takamiya een brief die tien jaar in de toekomst aan zichzelf is geschreven. Terwijl Naho verder leest, reciteert de brief de exacte gebeurtenissen van de dag, inclusief de overplaatsing van een nieuwe student in haar klas genaamd Kakeru Naruse. De Naho van tien jaar later zegt herhaaldelijk dat ze veel spijt heeft, en dat ze deze wil oplossen door ervoor te zorgen dat de Naho uit het verleden de juiste beslissingen kan nemen, vooral met betrekking tot Kakeru. Wat nog schokkender is, is dat ze ontdekt dat Kakeru tien jaar later niet meer bij hen zal zijn. De toekomstige Naho vraagt haar om hem nauwlettend in de gaten te houden.
Weinig mensen kennen de waarheid: de wereld is veilig dankzij de Magische Meisjes die gedwongen worden heksen te doden. Hoewel deze meisjes hun leven op het spel zetten voor een wens, gaan er geruchten dat ze gered kunnen worden in Kamihama City. Dat is waar Iroha Tamaki naartoe gaat op zoek naar antwoorden; ze kan zich de wens die ze aan Kyubey heeft gedaan niet herinneren.
Minato is een jongen die gestopt is met waterpolo vanwege een bepaald incident in de winter van zijn derde middelbare schooljaar. Hij pakt de sport weer op met een nieuw team als hij op de middelbare school begint, maar het jonge team stuit op veel problemen.
Lawrence is een reizende koopman die verschillende goederen verkoopt vanuit een door paarden getrokken kar. Op een dag komt hij aan in een dorp en ontmoet hij een mooi meisje met de oren en staart van een dier! Haar naam is Holo de Wijzewolf en ze brengt overvloedige oogsten. Ze wil terugkeren naar haar vaderland en Lawrence biedt aan haar mee te nemen. Nu beginnen de eens zo eenzame koopman en de eens eenzame wijzewolf aan hun reis naar het noorden.
Landschappen die we nog nooit hebben gezien. Geluiden die we nog nooit hebben gehoord. Geur die we nog nooit geroken hebben. Eten dat we nog nooit hebben geproefd. En de golf van emoties die we nog nooit hebben meegemaakt. Dit is de expeditie van het herinneren van de stukken die uit elkaar zijn gescheurd en de sensatie die met rust is gelaten. Wat zullen we denken als we die plek bereiken? Huilend, hoek van 40 graden. Raging, hoek van 50 graden. Schreeuwen, hoek van 60 graden. Een wildernis achter de zware zee. Het meest zuidelijke, ver van de bewoonde wereld. Op de top van de aarde. We zullen licht vinden door de ogen van de meisjes om morgen te leven.
De 18-jarige middelbare scholier Kukuru werkt in het Gama-Gama Aquarium in Okinawa en kent het ‘geheim’ van het aquarium, want daar gebeuren soms heel mysterieuze dingen. Op een dag ontmoet ze het meisje Fūka, die met een droevige uitdrukking op haar gezicht voor een van de watertanks staat. Ze gaf haar droom om een idool te worden op en vluchtte naar Okinawa. Omdat ze niet weet waar ze heen moet, vraagt ze Kukuru om een baan bij het aquarium, maar de twee worden al snel geconfronteerd met de dreigende crisis van een mogelijke sluiting...
Mushi zijn wezens die niet kunnen worden omschreven als dieren, planten, insecten of geesten. Ze bestaan in veel verschillende soorten over de hele wereld. Ze leven in steden, in de natuur, in het water of in de lucht, maar ook naast planten, dieren en mensen. Sommige soorten komen per ongeluk, sommige zelfs opzettelijk, in contact met mensen en vormen een band die zowel goed als slecht voor hen kan zijn. De hoofdpersoon Ginko, een Mushishi, is een man die gespecialiseerd is in Mushi. Hij verzamelt informatie en redt tijdens zijn uitstapjes door het land vaak de levens van mensen die door Mushi zijn getroffen, of bevrijdt hen op zijn minst uit een onaangename situatie veroorzaakt door Mushi.
Nadat Yuri Katsuki vorig jaar een verpletterende nederlaag leed tijdens de Grand Prix-finales in het kunstschaatsen, keert hij terug naar zijn Japanse geboortestreek Kyushu. Daar trekt hij zich terug in zijn ouderlijk huis en speelt hij met de gedachte om zijn schaatsen voorgoed aan de wilgen te hangen. Maar onverwachts verschijnen twee van zijn voormalige tegenstanders bij hem op de stoep. Zijn sportidool Viktor Nikiforov, die vijf jaar op rij het wereldkampioenschap kunstschaatsen heeft gewonnen, en een andere deelnemer, Joeri Plisetski, die al op jonge leeftijd ervaren kunstschaatsers voorbijstreeft. Gemotiveerd door deze noodlottige ontmoeting besluit Yuri de uitdaging van de Grand Prix-finales opnieuw aan te gaan.