De anime begint met uitwisselingsstudent Tatsuma Hiyuu die arriveert op Magami High School. De schooldelinquent Kyouichi Houraiji daagt hem uit om in de klas te vechten. Houraiji is een zwaardvechter en Hiyuu is bedreven in vechtsporten. De aanvoerder van de worstelclub, Yuuya Daigo, wil ook zijn krachten testen met Hiyuu en ze ontmoeten elkaar in een vervallen gebouw vlakbij de school. Maar de ontmoeting van de drie blijft niet onopgemerkt, want studentenvertegenwoordiger Aoi Misato en de vrouwelijke aanvoerder van de Kyudo-club Komaki Sakurai willen voorkomen dat de jongens gaan vechten. Plots verschijnen er vreemde vlekken op de huid van de vijf studenten en verschijnt er een demon. Ze slagen erin hem te verslaan, maar zijn daarna niet slimmer dan voorheen. Waar komen deze vlekken op haar huid vandaan? Wie zit er achter de demonenaanvallen? En waarom hebben ze plotseling deze speciale vaardigheden en krachten?
We bevinden ons in een Meiji-tijdperk in Japan, waar mensen en youkai naast elkaar bestaan. Om de onderlinge conflicten het hoofd te bieden, richt de regering het 'Ministerie van Youkai en Volk' op, wiens taak het is de vrede te waarborgen. De medewerkers van het ministerie bestaan uit zowel mensen als youkais, evenals het mens-youkai-meisje van gemengd ras Zakuro. Samen strijden ze voor een beter begrip tussen de twee groepen.
Hinako Nakayama is haar hele leven opgegroeid in staatsweeshuizen, zonder ooit haar familie te hebben gekend. Als ze op het punt staat naar de middelbare school te gaan, wordt Hinako benaderd door Hikaru, een jongen die beweert haar tweelingbroer te zijn.
Volgens Hikaru zijn Hikaru en Hinako de kinderen van het hoofd van de machtige yakuza-familie Onigashima, en Hikaru wil dat Hinako met hem van plaats wisselt op de Shishiku Academie, een jongensschool die overspoeld wordt door de zwaarste delinquenten van het land. Kan Hinako haar broer redden, romantiek vinden en de nieuwe baas van de school worden?
Oude klasgenoten Haru en Gaku zullen alles doen om succes te behalen. En succes betekent voor hen dat ze een biljoen dollar verdienen! Maar om dat te kunnen doen, zullen ze hun eigen unieke vaardigheden ten volle moeten benutten. Haru is een overtuigende en zelfverzekerde spreker die met iedereen verbinding kan maken, terwijl Gaku, hoewel onhandig, een deskundige programmeur is. Zullen hun gecombineerde talenten genoeg zijn om hun droom werkelijkheid te maken?
Toen Natsuno Hanabi terugging naar haar geboorteplaats om op de middelbare school te studeren, dacht ze dat ze een nieuw prachtig leven zou hebben. Maar Tachibanakan, de slaapzaal waar ze zou gaan wonen, was niet wat ze had verwacht.