Op het continent Yggdra leven mensen, ogres, reuzen, bosgeesten en vele andere wezens samen. De harmonie wordt verbroken door de machtsovername van de Dark King, die deze wereld in duisternis wil storten met behulp van een mysterieus boek genaamd Chain Chronicle. In plaats van een partij te zijn voor zijn leger, kwam een handvol vrijwilligers, onder leiding van de onverschrokken kapitein Yuri, toch tegen hem in opstand...
Hinako Nakayama is haar hele leven opgegroeid in staatsweeshuizen, zonder ooit haar familie te hebben gekend. Als ze op het punt staat naar de middelbare school te gaan, wordt Hinako benaderd door Hikaru, een jongen die beweert haar tweelingbroer te zijn.
Volgens Hikaru zijn Hikaru en Hinako de kinderen van het hoofd van de machtige yakuza-familie Onigashima, en Hikaru wil dat Hinako met hem van plaats wisselt op de Shishiku Academie, een jongensschool die overspoeld wordt door de zwaarste delinquenten van het land. Kan Hinako haar broer redden, romantiek vinden en de nieuwe baas van de school worden?
Tokio, 2030. In een buitenwijk is plotseling een hoogfrequente resonantie hoorbaar, en tegelijkertijd is de hele stad in een rode mist gehuld. Alle levende wezens die de geluiden horen, zowel mensen als dieren, verliezen het bewustzijn. Aangenomen wordt dat het fenomeen een ongeïdentificeerd virus is, dus uit angst voor een zich verspreidende epidemie is Tokio afgesloten van de rest van het land. Ongeveer zes maanden later worden alle mensen die het bewustzijn hebben verloren wakker alsof er nooit iets is gebeurd. Diezelfde dag vinden er echter vreemde incidenten plaats en wordt de stad overspoeld door een reeks wrede lotsbestemmingen.
Ritsuka Tachibana is een vrouwelijke tweedejaars middelbare scholier die de Shiko Academie in Shiko Town bezoekt. Ze genoot van haar schoolleven terwijl ze bij haar moeder Maria woonde, maar op een dag raakte dat evenwicht in duigen toen ze ontdekte dat een aantal van haar aantrekkelijke, mannelijke klasgenoten demonen zijn.
Joji Ema gaat naar een jongensschool. Na het sportfestival van de school begint Ema's excentrieke klasgenoot Miyoshi Hayashi zich vreemd tegen hem te gedragen. Yuichi Medaka gaat naar een gemengde middelbare school. Hij komt achter Akira Nikaido te zitten, een onrustige leerling die de meeste leerlingen niet mogen. Ontdek een verzameling verhalen over hoe het is om jong te zijn.
Hiromi Maiharu is net verhuisd naar Kamakura. Om van het prachtige landschap van de stad te genieten, besluit ze naar haar nieuwe middelbare school te fietsen. Het is echter lang geleden dat ze heeft getrapt! Onderweg ontmoet ze Tomoe, en de twee meisjes sluiten zich samen aan bij de fietsclub van de middelbare school.
Het 'Evil Corps', onder leiding van Don, is op een missie om het universum te veroveren. Ze willen eerst de aarde binnenvallen, maar ze worstelen met een aantal eigenzinnige aardbewoners die hen in de weg staan. Uiteindelijk wordt Don's plan om de aarde binnen te vallen vervormd...?!
In het futuristische buddy cop-verhaal krijgt de gedesillusioneerde ex-soldaat en politieagent Kei Matoba te maken met een nieuwe partner: Tilarna Exedilika is een ridder uit een andere wereld, zeer gemotiveerd, maar alarmerend onwetend over het dagelijks leven van onze wereld. Conflicten zijn onvermijdelijk!
Een meisje erft een bedrijf dat bijna failliet is van haar overleden vader. Bij gebrek aan geld moet ze nu zelf producent worden om het bedrijf van de ondergang te redden. Tijdens haar werk ontmoet ze vier jongens – financieel expert Zen, het idool Kira, politieagent Haku en de vooraanstaande neurowetenschapper Simon – en raakt ze plotseling betrokken bij de samenzweringen en mysteries over het bestaan van speciale krachten die bekend staan als 'Evol'.
Kuu gaat naar school in de City of Learning, Academia. Ze bevindt zich al snel opgesloten in conflict met de absolute engelen: een groep mooie meisjes die zich voeden met menselijke levenskracht om te overleven. Ze hanteren Godachtige kracht en hebben de kracht om de wereld zelf te vernietigen. Maar zijn het echt demonen van vernietiging of gewoon onschuldige meisjes gevangen in een lot waar ze niet aan kunnen ontsnappen?