Mazinkaiser vs. de Grote Generaal van de Duisternis is een hervertelling van Mazinger Z versus de Grote Generaal van de Duisternis uit 1974. Het nieuwe Mazinger-team wordt overweldigd door de verrassingsaanval van het ondergrondse Mykene-rijk, waarbij veel slachtoffers vallen, maar Mazinkaiser verslaat uiteindelijk de krachten van het kwaad en eindigt met een bitter duel tegen de leider van Mykene, de Grote Generaal van de Duisternis.
Wanneer Ataru bijna onder de neus van Lum wordt ontvoerd, wordt ze boos. Vooral omdat de ontvoerder verrukkelijk is: ze is een jonge en mooie buitenaardse prinses met de lieve naam Lupica. Maar als Darling werd ontvoerd, is het noch voor zijn charme, noch voor zijn humor; De prinses wil gewoon een zeldzaam en kostbaar item bemachtigen dat alleen de grootste rokkenjager in het universum kan vinden! Het is duidelijk dat noch Ataru noch Lum het einde van het verhaal kennen. Ingewikkeld, denk je? Kleine misverstanden smeden grote liefdesverhalen.
Een meedogenloze professionele moordenaar wordt ingehuurd door een kwaadaardige gerechtsambtenaar om zijn tegenstanders uit de weg te ruimen. Al snel ontdekt de moordenaar dat de ambtenaar verantwoordelijk was voor de dood van zijn vader en hij zweert wraak op de ambtenaar en zijn aanhangers.