Sin Kiske, het verboden kind van een mens en een magisch vervaardigd biologisch wapen genaamd een Gear, leeft in een wereld waar magie de wetenschap heeft vervangen en littekens van de Gear-opstand blijven. Tijdens het bijwonen van de taboe doorbrekende bruiloft van zijn ouders ontmoet hij een mysterieus meisje met een diepe haat voor Gears, en hun noodlottige ontmoeting dreigt de wereld opnieuw op zijn kop te zetten.
Tokio, 2030. In een buitenwijk is plotseling een hoogfrequente resonantie hoorbaar, en tegelijkertijd is de hele stad in een rode mist gehuld. Alle levende wezens die de geluiden horen, zowel mensen als dieren, verliezen het bewustzijn. Aangenomen wordt dat het fenomeen een ongeïdentificeerd virus is, dus uit angst voor een zich verspreidende epidemie is Tokio afgesloten van de rest van het land. Ongeveer zes maanden later worden alle mensen die het bewustzijn hebben verloren wakker alsof er nooit iets is gebeurd. Diezelfde dag vinden er echter vreemde incidenten plaats en wordt de stad overspoeld door een reeks wrede lotsbestemmingen.
De Aquarion, een gigantisch gemechaniseerd vecht pak, is het beste wapen van de mensheid tegen interstellaire bedreigingen. Menselijke piloten trainden en werkten samen om Shadow Angels, binnenvallende ontvoerders en kinetische energiemonsters gedurende duizenden jaren te verslaan. Nogmaals, de mensheid moet zich wenden tot de Aquarion. Zal het pak, nu het lot van de aarde op het spel staat, genoeg zijn om de mensheid te redden?
De mysterieuze vliegende wezens die bekend staan als Zai verschijnen plotseling, en om de wezens te bestrijden, maakt de mensheid gevechtsvliegtuigen genaamd 'Daughters', evenals het automatische vechtmechanisme 'Anima', die de vorm hebben van menselijke meisjes. Het verhaal draait om een jonge man genaamd Narutani Kei, die ernaar verlangt om in de lucht te vliegen, en een Anima die wordt beschouwd als de troef van de mensheid, een meisje genaamd Guripen.
Ryo Saeba is een privédetective en een vechtmachine die de samenleving van het kwaad verlost. Hij is ook bekend als City Hunter. Hij werkt samen met partner Kaori Makimura. Een ongeval leidt tot de dood van Kaori Makimura en haar hart wordt getransplanteerd naar Xiang-Ying. Xiang-Ying verschijnt dan voor Ryo Saeba.
Na de Derde Wereldoorlog in 206x na Christus is de wereld verwoest, de tactische poppen van het particuliere militaire bedrijf Griffin zijn in een eindeloze strijd verwikkeld met de ‘Iron-Blood Construction Company’, die de mensheid heeft misleid.
Onze wereld wordt voortdurend bedreigd door bovennatuurlijke wezens genaamd Aradama. Alleen de Toji, priesteressen van het zwaard, kunnen ze afweren. Om dit te doen, sluiten ze zich aan bij een speciale politiebrigade. De regering heeft vijf scholen opgericht die toekomstige priesteressen opleiden. Deze meiden brengen hun kennis al in de praktijk om de bevolking te beschermen, maar wat hen drijft is het grote toernooi dat volgend voorjaar gepland staat en waarbij de beste onder hen zal worden aangewezen...
In een wereld waar ieders plaats in de samenleving vanaf de kindertijd wordt bepaald, kunnen alleen de besten geluk bereiken. Tijdens het beslissende examen staan degenen die voor studeren kozen (klas L / Leren) en degenen die kozen voor spieken (klas C / Cheating) tegenover elkaar. Mumei Shokatsu (klasse C) en Koi Oh (klasse L) ontmoeten elkaar op de dag van de tests en zullen moeten besluiten de confrontatie met elkaar aan te gaan... of zich te verenigen.
De serie is een parodie op de consoleoorlogen en vertelt het verhaal van twee naties, het Segua-koninkrijk en het Ninteldo-rijk, die verwikkeld zijn in een strijd om dominantie over het land Consume.
Op de eerste dag van het jaar 1995 verdwijnt een straaljager uitgerust met de nieuwe G-Reaction-motor, die buitengewone snelheden kan bereiken, op mysterieuze wijze nadat hij is geraakt door een krachtig licht. Vijf jaar later ontmoeten Billy Kimura en Penny Carter elkaar op een station waar een nieuwe bullet train met de G-Reaction-motor wordt geïntroduceerd. Tot algemene verbazing doet een lichtstraal de trein verdwijnen. Na een reeks soortgelijke gebeurtenissen realiseren de jongens zich dat het een buitenaardse invasie is die van plan is de aarde binnen te vallen. Gelukkig ontwikkelen wetenschappers de Sky Knight, een straaljager die de enige lijkt te zijn die in staat is om de vijand aan te vallen. De invasie lijkt aanstaande.