Urashima, een eiland ver van het vasteland. De mensen die er wonen leiden een zorgeloos leven. Maar vijf jaar geleden kregen de drie grote families van het eiland te maken met een reeks tegenslagen en vielen ze ten prooi aan verdenking. De bevolking van het eiland verbrak alle contact met het vasteland en begon een langzame achteruitgang. De sleutel tot het redden van het eiland ligt in drie meisjes die tot de drie families behoren. Maar ze zijn gebonden aan oude tradities en zijn met elkaar in conflict. Op dat eiland spoelt een eenzame man aan. De man beweert uit de toekomst te komen en hij begint een eenzame strijd om het lot van het eiland te veranderen.
Adachi, een dertigjarige maagd, ontdekt dat hij de magische kracht heeft om de gedachten te lezen van mensen die hij aanraakt. Helaas maakt het vermogen hem alleen maar ellendig, omdat hij niet weet hoe hij het goed moet gebruiken! En tot overmaat van ramp ontdekt Adachi, wanneer hij per ongeluk de gedachten van zijn zeer bekwame, knappe collega leest, dat de man verliefd is op niemand minder dan Adachi zelf! Dingen staan op het punt HEEL ongemakkelijk te worden!
Izumi werd geboren in een familie van beroemdheden. Zijn vader is zanger, zijn moeder artiest, zijn oudere broer de zanger van de populaire band Crashers. Izumi zelf is echter slechts een nerdy student. Hij houdt van de manga 'Magical Girl Lala Lulu' en droomt ervan zelf mangaschrijver te worden. Op een dag wordt hij betrokken bij het filmen van een reclamespot waarin hij een jurk draagt. Een andere acteur op de set, Ryoma Ichijo, ziet hem aan voor een vrouw en wordt op het eerste gezicht verliefd. Het blijkt echter dat ze elkaar tien jaar geleden hebben ontmoet. En de gevoelens van Ryoma veranderen niet als hij ontdekt dat Izumi een jongen is.
De verre toekomst. Na het bereiken van haar hoogtepunt nam de wereldbevolking af. AI is ontwikkeld om de soorten te helpen behouden en het ecosysteem te beheren; een groots experiment in menselijke diversiteit. Door genetische manipulatie werd een breed scala aan volkeren, waaronder beesten, magische wezens en meer, gecreëerd om in een diverse stad te leven, gescheiden in ommuurde 'clusters'.
Elk cluster ontwikkelde een unieke cultuur, passend bij de mensen die er woonden. Hun leven, en het systeem, wordt voortdurend onderhouden door de AI om te overleven.
Tien jaar geleden wenste een kind de vernietiging van de wereld. Nu heeft een groep mensen de mogelijkheid om hun wensen in te willigen, afhankelijk van hun macht. Ze worden 'Bestelgebruiker' genoemd. Voor deze grote mensen die de macht van 'Orde' hebben, blinkt één persoon het meest uit met het vermogen om de wereld te regeren en te veroveren en mensen in marionetten te veranderen wanneer het onder zijn jurisdictie valt. Deze macht behoort toe aan Hoshimiya Eiji, die ook verantwoordelijk is voor de destructieve verschijnselen die precies tien jaar geleden plaatsvonden.
Zolang mensen een hart hebben, zullen er mensen zijn met zorgen. Die harten worden dan binnengevallen door iets vreemds, waardoor ze vreemde lichamelijke symptomen vertonen. Deze kwalen, die "mysterieuze ziekten" worden genoemd, bestaan voor de meeste mensen onzichtbaar. De moderne geneeskunde biedt geen genezing, maar er is één arts die deze ziekten samen met zijn leerlingen bestrijdt. Zijn naam is Ramune. Hij lijkt in niets op een dokter, is grofgebekt en doet wat hij wil, maar hij heeft het vermogen om de oorzaak van de problemen die diep in de harten van zijn patiënten verborgen zijn, te achterhalen en hun mysterieuze ziekten te genezen.
Acht jaar geleden bezocht de westerse beschaving het 19e-eeuwse Japan. Gemechaniseerde poppen en nieuwe door stoom aangedreven creaties begonnen zich door het hele land te verspreiden. The Wind Gang is een groep poppen- en stoomgebruikers die geloven in het gebruik van hun creaties om op gewelddadige wijze een nieuw industrieel tijdperk tot stand te brengen. Op een dag vallen ze het vredige dorp van een jonge poppengebruiker genaamd Hiwou aan en vernietigen ze. Hiwou en zijn vrienden ontsnappen met een gigantische pop genaamd Homura. Hiwou wil nu zijn vader vinden, zodat hij kan helpen de Wind Gang te verslaan en de vrede terug te brengen in Japan.
Kazuto is een normale jongen: hij ziet er normaal uit, hij runt samen met zijn zusje een badhuis en hij bezit een stukje ziel van een buitenaardse prinses. Hoe is dit zo gekomen?
Valkyrie, prinses van een verre planeet, stort met haar ruimte zweefvliegtuig neer in Kazuto's badhuis. De botsing verwondt hem dodelijk, en Valkyrie besluit zijn leven te redden door hem een stukje van haar ziel te geven. Er zijn maar twee voorwaarden: ze moet bij hem blijven, anders zullen zowel zij als Kazuto sterven. Omdat haar ziel verzwakt is, transformeert ze mentaal en fysiek terug in een basisschoolleerling.
De anime begint met uitwisselingsstudent Tatsuma Hiyuu die arriveert op Magami High School. De schooldelinquent Kyouichi Houraiji daagt hem uit om in de klas te vechten. Houraiji is een zwaardvechter en Hiyuu is bedreven in vechtsporten. De aanvoerder van de worstelclub, Yuuya Daigo, wil ook zijn krachten testen met Hiyuu en ze ontmoeten elkaar in een vervallen gebouw vlakbij de school. Maar de ontmoeting van de drie blijft niet onopgemerkt, want studentenvertegenwoordiger Aoi Misato en de vrouwelijke aanvoerder van de Kyudo-club Komaki Sakurai willen voorkomen dat de jongens gaan vechten. Plots verschijnen er vreemde vlekken op de huid van de vijf studenten en verschijnt er een demon. Ze slagen erin hem te verslaan, maar zijn daarna niet slimmer dan voorheen. Waar komen deze vlekken op haar huid vandaan? Wie zit er achter de demonenaanvallen? En waarom hebben ze plotseling deze speciale vaardigheden en krachten?
Hikaru's gewone leven op de middelbare school neemt een spannende wending wanneer hij Alma tegenkomt, een buitenaardse entiteit die lijkt op een gemechaniseerd ledemaat genaamd Mecha-Ude. Alma, een lid van een zeldzame soort, vlucht voor een sinistere groep die op jacht gaat naar hun soort, op zoek naar iemand met ongeëvenaarde macht. Dit onwaarschijnlijke duo krijgt de opdracht van de verzetsgroep ARMS en begint aan een gevaarlijke reis om de Mecha-Ude te redden.