De reïncarnatie van Himiko, de voormalige koningin van Yamatai, heeft besloten oorlog te voeren tegen alle magatama-bezitters van Kanto. Om haar verloren koninkrijk terug te krijgen, moet ze de echte Drie Heilige Schatten van Japan verzamelen.
Wanneer Himiko's bondgenoot, Asaemon Yamada, meedogenloos de Nanyou Academie aanvalt - die het heilige zwaard bezit waar Himiko naar op zoek is - maakt Chuubou Sonken, de nieuwe zus van Hakufu Sonsaku, haar draak wakker, maar verliest het bewustzijn. Vastbesloten om haar broer of zus te redden, moet Hakufu haar magatama terugvinden in de Jofuku-tempel, een legendarische plek waar ze training zal krijgen die haar misschien haar leven zal kosten.
Terwijl de grens tussen de levenden en de doden in Jofuku begint te verdwijnen, zullen de krijgers van de Kanto-regio zich moeten verenigen om Himiko's mysterieuze plannen te dwarsbomen.
Natsusa Yuzuki heeft gekozen voor een universiteit met een goede rugbyclub in de hoop daar de beste te worden. Helaas raakt Natsusa samen met zijn vriend Ibuki Ueoka betrokken bij een ongeluk, waarna beiden stoppen met rugbyen. Natsusa is vastbesloten om rugby niet de rug toe te keren en besluit manager van de club te worden. Daar ontmoet hij Yasunari Tsuru en Yuu Mashiro, twee nieuwkomers die precies het tegenovergestelde van elkaar zijn. Daar ontmoet hij ook Seiichirou Shingyouji, zijn beste vriend uit zijn kindertijd, weer. Samen proberen de vijf mannen het beste rugbyteam in de competitie van Kansai te worden.
Op het continent Yggdra leven mensen, ogres, reuzen, bosgeesten en vele andere wezens samen. De harmonie wordt verbroken door de machtsovername van de Dark King, die deze wereld in duisternis wil storten met behulp van een mysterieus boek genaamd Chain Chronicle. In plaats van een partij te zijn voor zijn leger, kwam een handvol vrijwilligers, onder leiding van de onverschrokken kapitein Yuri, toch tegen hem in opstand...
Toru Acura is een 20-jarige gepensioneerde soldaat die door het leven slingert nu de oorlog voorbij is. Hij ontmoet Chaika Trabant, een 14-jarige tovenares die een kist draagt, en volgt haar in de hoop weer zin in zijn leven te vinden. De twee reizen met Toru's geadopteerde zus, Akari, het werkende lid van de groep en dus Toru's bron van inkomsten.
Nai zoekt naar iemand die belangrijk voor hem is, met alleen een achtergelaten armband als aanwijzing. Gareki steelt en zakkenrollers om van dag tot dag rond te komen. De twee ontmoeten elkaar in een vreemd landhuis, en worden al snel gezochte criminelen door militaire veiligheidsagenten. Wanneer Nai en Gareki wanhopig in een hopeloze situatie terechtkomen, komen ze niemand minder dan de machtigste defensieorganisatie van het land tegen: 'Circus'!!
De mijmering van een meisje dat vecht tegen haar lot en tegen de 'Shadow Guardians'. Het podium is het hedendaagse Londen, in een wereld waar de angsten en angsten van mensen onmenselijke schaduwen voortbrengen. Een buitenlandse studente raakt verwikkeld in een bizar incident zodra ze voet op Engelse bodem zet. Op zoek naar hulp in een stad waar ze niemand kent, dwaalt ze een schilderachtig café binnen dat in het holst van de nacht stilletjes open is gebleven: Cafe Forbidden. Het is een plek waar de bewakers van de grens tussen mens en schaduw samenkomen.
Yuki Nagato is een verlegen meisje met een probleem dat iedereen kent: ze is verliefd! Haar verliefdheid Kyon gaat niet alleen naar dezelfde school, maar heeft ook Yuki"s literaire club van de ondergang gered door lid te worden. Nu zitten ze elke middag in stilte in het clublokaal. Maar voor Yuki, op wie thuis niemand zit te wachten, is deze tijd zo waardevol. Haar vriendin Ryoko, die als een moeder voor de anders wat verloren middelbare scholier zorgt, steunt haar waar ze maar kan in liefdeszaken. Dan verschijnt op een dag de opvliegende Haruhi, met de bedoeling de kerstman te vangen. Ze brengt ook veel actie en verwarring in het leven van Yuki, Kyon en Co. Als Haruhi op Valentijnsdag ook chocolade klaar heeft staan voor Kyon, wordt één ding duidelijk: Yuki heeft er nu een gevaarlijke rivaal bij!
We bevinden ons in een Meiji-tijdperk in Japan, waar mensen en youkai naast elkaar bestaan. Om de onderlinge conflicten het hoofd te bieden, richt de regering het 'Ministerie van Youkai en Volk' op, wiens taak het is de vrede te waarborgen. De medewerkers van het ministerie bestaan uit zowel mensen als youkais, evenals het mens-youkai-meisje van gemengd ras Zakuro. Samen strijden ze voor een beter begrip tussen de twee groepen.
Kaoru is een kantoordame die je overal kunt vinden, serieus en hardwerkend, maar haar man is een super otaku en min of meer een NEET. De ene dag is ze verstrikt in de grillen van haar man, de andere dag is ze het onderwerp van zijn zorgen, maar de twee zijn zo close dat het gênant is om ze zelfs maar te zien!