Shinya Yukimura en Ayame Himuro zijn twee wetenschappers die willen weten of liefde kan worden opgelost door een wetenschappelijke theorie. Deze twee wetenschappers hebben ook gevoelens voor elkaar en willen hun gevoelens kunnen oplossen door soortgelijke theoretische feiten. Met deze perfecte gelegenheid zullen deze wetenschappers proberen de theorie van de liefde die ze voor elkaar uitdrukken op te lossen.
Chizuru is naar de stad Kyoto gekomen op zoek naar haar vader. Ze werkt samen met de Shinsengumi sinds ze haar heeft gered van een bloeddorstig monster. In juni van Keio's eerste jaar verhuisden de Shinsengumi naar de Nishi Honganji-tempel om hun patrouille in Kyoto voort te zetten en ontvingen ze meldingen van de frequente verschijning van 'bandieten die zich voordeden als Shinsengumi'. Tegelijkertijd kregen ze de taak om Shogun Iemochi te beschermen, die Kyoto bezoekt.
Het verhaal gaat over een jongen die een gewoon leven leidt. Op een dag vindt hij een zeer sterke en intelligente mechanische arm genaamd 'Mecha-ude'. Na enkele vreemde gebeurtenissen wordt “Mecha-ude” een deel van de jongen en begint hun leven vol strijd. De jongen en zijn “Mecha-ude” vechten samen om hun band te versterken. Ze ontmoeten ook nieuwe vrienden die vechten met hun eigen “Mecha-ude”. Hiervan heeft één meisje twee “Mecha-ude” die uit haar rok komen. De twee zullen binnenkort andere “Mecha-ude”-gebruikers tegenkomen die op zoek zijn naar het geheim van “Mecha-ude”.
Nadat het leger van het Magic Mineral Empire hun thuisland, het Bloemenrijk, heeft aangevallen, moeten de feeën Himawari en Tsubaki vluchten naar de stad Romangai. Hier leven ze een paar jaar in vrede, maar op een dag wordt Himawari's vriend Ajisai ontvoerd. Himawari en Tsubaki gaan samen op pad om hun vriend te redden, maar de gevreesde soldaten van het Magic Mineral Empire staan hen in de weg!