Eruna Ichinomiya is nieuw op de kostschool Mikagura Private School en droomt van een schooltijd vol schattige dingen. Haar dromen worden echter snel verbrijzeld wanneer ze ontdekt dat op deze school de vertegenwoordigers van de culturele clubs het tegen elkaar opnemen in gevechten met bovennatuurlijke krachten. En alsof het verlies van haar droom nog niet genoeg was, wordt ze onbedoeld zelf vertegenwoordiger van een club en zo betrokken bij deze gevechten.
Wanneer een draak er niet in slaagt te voldoen aan de angstaanjagende normen die aan hem zijn gesteld, schopt zijn familie hem eruit. Hij gaat op zoek naar een nieuw huis, maar komt er al snel achter dat het leven onderweg geen plaats is voor een laf legendarisch beest. In een fantasiewereld vol elfen, dwergen en andere mythische wezens bereiken de frustraties van huizenjacht een geheel nieuw niveau.
Rud, een schilder met een verdedigingsstatistiek van 9999, dient als tank voor de Heldenpartij terwijl ze aanvallen uitvoeren in labyrinten. Wanneer de tirannieke held hem plotseling uit het gezelschap schopt en zegt dat zijn vaardigheden 'nutteloos' zijn, keert Rud terug naar zijn geboorteplaats. Onderweg redt hij een jong meisje, en zij onthult de ware aard van zijn vaardigheid... die ongelooflijk krachtig blijkt te zijn!
De vier Yuzuki-broers – Hayato, Mikoto, Minato en de jonge Gakuto – verloren twee jaar geleden hun ouders en werken nu om zichzelf groot te brengen. Samen leven, leren, vechten en vergeven ze zoals broers dat zouden moeten doen.
In een verborgen school, omringd door bergen, worden jonge vrouwen uit een goed gezin alles geleerd wat een 'high -class dame' moet weten. Ze zijn volledig afgesneden van de buitenwereld. Dit heeft er echter ook een groot probleem mee: steeds meer afgestudeerden gaan niet aan de moderne wereld nadat ze klaar zijn met hun studies. Om dit probleem op te lossen, besloot het schoolmanagement een willekeurig geselecteerde mannelijke student te ontvoeren en hem te registreren als student op je school. Ze hopen dat dit een manier is om de meisjes voor te bereiden op de buitenwereld.
Kagurazaka Kimito werd gekozen voor deze dubieuze eer. Het schoolmanagement besluit het te presenteren als een homoseksueel met spier fetisj. Wanneer Kimito hoort dat het alternatief de castratie is (om de zuiverheid van de meisjes te waarborgen), denkt hij niet lang en speelt hij mee. Nu hoeft hij alleen de interesse van deze verwende jonge vrouwen te overleven die geen verwijzing naar de echte wereld hebben.
Student Soji Mitsuka heeft een voorliefde voor meisjes met twee staartjes. Op een dag ontmoet hij een mysterieus en mooi meisje genaamd Thouars, die uit een parallel universum komt. Tegelijkertijd verschijnen er monsters in de stad en beweren ze dat alle meisjes met twee staartjes van hen zijn. Thouars leent hem de Tail Gear, een denkbeeldig harnas dat hem de kracht geeft om te transformeren in een rood krijger meisje met bovennatuurlijke krachten - en twee staartjes - om de wezens te bevechten om de mensheid en de meisjes met twee vlechten te redden.
Yuki Nagato is een verlegen meisje met een probleem dat iedereen kent: ze is verliefd! Haar verliefdheid Kyon gaat niet alleen naar dezelfde school, maar heeft ook Yuki"s literaire club van de ondergang gered door lid te worden. Nu zitten ze elke middag in stilte in het clublokaal. Maar voor Yuki, op wie thuis niemand zit te wachten, is deze tijd zo waardevol. Haar vriendin Ryoko, die als een moeder voor de anders wat verloren middelbare scholier zorgt, steunt haar waar ze maar kan in liefdeszaken. Dan verschijnt op een dag de opvliegende Haruhi, met de bedoeling de kerstman te vangen. Ze brengt ook veel actie en verwarring in het leven van Yuki, Kyon en Co. Als Haruhi op Valentijnsdag ook chocolade klaar heeft staan voor Kyon, wordt één ding duidelijk: Yuki heeft er nu een gevaarlijke rivaal bij!
Het toneel van dit verhaal is de stad Mamkestell, die tot grote welvaart kwam door de energiebronnen van Kisa en de Kiseki -kristalvorm. Jonge vrouwen, genaamd 'heksen', leven in deze stad die Kisa en Kiseki gebruiken voor spreuken en melodieën om hun magie te oefenen. Met hun vaardigheden en zingen vechten ze tegen Monsters, wat hen een hoge reputatie bij de bevolking oplevert. In de meisjesschool, die werd opgericht door de heks worden jonge meisjes opgeleid als heksen. Wanneer Tiara op de poort van de heksenschool klopt, is het haar grootste droom om een uitstekende heks te worden. 'Ik wil echt leren op deze school en ... wat?!'