Het gaat over de testpiloten en Monteurs van de 'tactische oppervlaktejagers' -eenheid in Alaska van de troepen van de Verenigde Naties. De Japans-Amerikaanse piloot Yuuya Bridges van het Argos testteam is het hoofdtester van de 'XFJ-projecten', het initiatief dat de nieuwste straaljagers ontwikkelt.
Toen Natsuno Hanabi terugging naar haar geboorteplaats om op de middelbare school te studeren, dacht ze dat ze een nieuw prachtig leven zou hebben. Maar Tachibanakan, de slaapzaal waar ze zou gaan wonen, was niet wat ze had verwacht.
Tokio, 2030. In een buitenwijk is plotseling een hoogfrequente resonantie hoorbaar, en tegelijkertijd is de hele stad in een rode mist gehuld. Alle levende wezens die de geluiden horen, zowel mensen als dieren, verliezen het bewustzijn. Aangenomen wordt dat het fenomeen een ongeïdentificeerd virus is, dus uit angst voor een zich verspreidende epidemie is Tokio afgesloten van de rest van het land. Ongeveer zes maanden later worden alle mensen die het bewustzijn hebben verloren wakker alsof er nooit iets is gebeurd. Diezelfde dag vinden er echter vreemde incidenten plaats en wordt de stad overspoeld door een reeks wrede lotsbestemmingen.
Akira Kariya, de nieuwe rekruut van de rugbyclub, krijgt op een dag advies over zijn hardloopstijl van een student genaamd Riku Haruma. Laatstgenoemde was ooit een groot rugbyfan, maar gaf het uiteindelijk op omdat hem werd verteld dat hij niet over de juiste lichaamsbouw beschikte. Akira raakt geïnteresseerd in Riku en is vastbesloten hem opnieuw aan het team te introduceren, terwijl hij zijn passie voor het spel nieuw leven inblaast. Door hun krachten te bundelen creëren de twee een nieuw, zeer tactisch spel en streven ze ernaar het team naar de top van het middelbare schooltoernooi te brengen.
Oude klasgenoten Haru en Gaku zullen alles doen om succes te behalen. En succes betekent voor hen dat ze een biljoen dollar verdienen! Maar om dat te kunnen doen, zullen ze hun eigen unieke vaardigheden ten volle moeten benutten. Haru is een overtuigende en zelfverzekerde spreker die met iedereen verbinding kan maken, terwijl Gaku, hoewel onhandig, een deskundige programmeur is. Zullen hun gecombineerde talenten genoeg zijn om hun droom werkelijkheid te maken?
Nai zoekt naar iemand die belangrijk voor hem is, met alleen een achtergelaten armband als aanwijzing. Gareki steelt en zakkenrollers om van dag tot dag rond te komen. De twee ontmoeten elkaar in een vreemd landhuis, en worden al snel gezochte criminelen door militaire veiligheidsagenten. Wanneer Nai en Gareki wanhopig in een hopeloze situatie terechtkomen, komen ze niemand minder dan de machtigste defensieorganisatie van het land tegen: 'Circus'!!
De eerstejaarsstudent Yūshi Inaba moet op zoek naar een nieuwe plek om te wonen nadat zijn slaapzaal op de middelbare school is afgebrand. Omdat hij geen ouders heeft en onafhankelijk van zijn oom wil leven, vindt hij uiteindelijk een goedkoop appartement voor 25.000 yen genaamd Kotobuki-sō, maar ontdekt dat er menselijke en bovennatuurlijke wezens zoals geesten, yōkai en mononoke samenleven. Daar begint Yūshi's nieuwe dagelijkse leven.
De Aquarion, een gigantisch gemechaniseerd vecht pak, is het beste wapen van de mensheid tegen interstellaire bedreigingen. Menselijke piloten trainden en werkten samen om Shadow Angels, binnenvallende ontvoerders en kinetische energiemonsters gedurende duizenden jaren te verslaan. Nogmaals, de mensheid moet zich wenden tot de Aquarion. Zal het pak, nu het lot van de aarde op het spel staat, genoeg zijn om de mensheid te redden?
Drie jaar zijn verstreken sinds de strijd met het White Comet Empire. President Dessler, die op zoek is naar een nieuwe moederster om het stervende Gamilas-volk te redden, vindt in een deel van het Melkwegstelsel een ster die aan de voorwaarden voldoet. Maar het bevond zich op het grondgebied van een machtige interstellaire natie. Bij het territoriale geschil dat in de Melkweg uitbrak, is onvermijdelijk de aarde betrokken, die een veiligheidsverdrag heeft met Gamilas. De magie van de tijdfout, die de aarde militaire en economische voordelen opleverde, is verdwenen in ruil voor hun eigen leven. Susumu Kodai vertrekt met de nieuwe bemanning op een trainingsreis ter voorbereiding op een naderende noodsituatie. Zonder te weten dat iemand die op zichzelf mikt, er middenin zit. Yamato staat op het punt een nieuwe reis te ondernemen in een tijdperk van ongekende angst. Onderweg wacht een onvoorstelbare nieuwe vijand...