Wanneer Lali Sokolov in 1942 in Auschwitz-Birkenau arriveert, wordt hij aangesteld als tatoeëerder. Tijdens de Holocaust moet Lali identificatienummers aanbrengen op de armen van medegevangenen. Op een dag ontmoet hij Gita wanneer ze haar gevangenennummer krijgt. Ze ervaren liefde op het eerste gezicht en zijn vastbesloten om elkaar in leven te houden terwijl ze constant bewaakt worden door de wispelturige naziofficier Stefan Baretzki.
Hoogvliegers vertelt het verhaal van Rutger (Josha Stradowski), Guus (Soy Kroon) en Leyla (Sinem Kavus). Drie jonge mensen in opleiding tot vlieger bij de Koninklijke Luchtmacht. Tegen de achtergrond van de jarenlange loodzware opleiding van de Koninklijke Luchtmacht, een geopolitiek conflict met Rusland, tot aan een gevaarlijke missie in het Midden-Oosten maken we de vrienden mee op hun bewogen reis naar volwassenheid. We zijn deelgenoot van hun kameraadschap, hun relatie met hun familie, hun verdriet, vreugde en liefdes, in tijden van oorlog en vrede.
Twee jonge mensen, de Nederlandse Volksduitser Hans Hallerbach en de Joodse Vera Weinberg, spelen al twee jaar lang een gevaarlijk spel om hun verboden liefde in stand te houden. Beide families proberen de relatie te stoppen. Maar als de Duitsers die zomer de deportatie van alle Nederlandse joden in gang zet, komt het gevaar steeds dichterbij. Als Hans ook nog wordt opgeroepen om de Duitse dienstplicht te vervullen en Vera’s familie wordt bedreigd, krijgt het spel een steeds grimmiger karakter...