Tijdens het routineonderhoud van een ICBM met vloeibare brandstof wordt de brandstoftank doorboord door een vallende moersleutel. De film volgt de inspanningen van de onderhoudsploeg en het bijbehorende militaire en civiele personeel om de potentieel rampzalige situatie te herstellen voordat de brandstoftank voldoende drukloos is geworden en explodeert.
Deze film is een alternatieve versie van de tv-serie; het is samengesteld uit de twee OVA's uit 2007, bewerkt om het tempo van de plot te verbeteren, en een extra segment dat lijkt op een tv-aflevering waarin de cast de taak krijgt om bloemen te bestuderen. De plot heeft verschillende verschillen met de tv-serie, waarvan de belangrijkste de dood van Sirius aan het begin is, Apollo's andere jeugd en de meer uitgesproken focus op de gebeurtenissen van 12000 jaar geleden, met name de dood van Apollonius en de betrokkenheid van Reika's vorige incarnatie.
De briljante professor McLean werkt aan een geheim project. De CIA schakelt de knappe Jessica Saunders in als undercoveragente om te weten te komen wat het project inhoudt. Jessica werd vooral gekozen omwille van het feit dat ze sterk gelijkt op de overleden echtgenote van de excentrieke McLean.
Meer dan 300 jaar lang was de mensheid in een verschrikkelijke oorlog verwikkeld met de Crest, die de mensheid bijna vernietigde. Op het laatste moment konden beide partijen het eens worden over vrede. Maar de gevechten zijn nog niet ten einde. Zogenaamde Automatons hebben de controle over enkele van de Crest-oorlogsschepen overgenomen en blijven nu onafhankelijk vechten.
Nayuta is een normaal schoolmeisje, totdat ze een jonge jongen ontmoet genaamd Kiro die zijn zieke moeder probeert te helpen. Nayuta brengt ze naar het ziekenhuis, maar binnen verdwijnt Kiro's moeder zonder uitleg en Kiro rent weg. Later die avond verschijnt Kiro bij Nayuta's huis en laat haar zijn paranormale krachten zien, mogelijk gemaakt door een mysterieuze tiara die hij draagt.