Een drijvende ruimte zonder zwaartekracht, waar een oneindig aantal lampen schijnen in verschillende kleuren: De Doos van de Wijsheid. Binnen dit kader zijn er meerdere werelden, meerdere tijdlijnen en daar waren vele verschillende mensen. Dit is waar Dual en Dorothy vechten met vijanden genaamd Virussen. Werelden geïnfecteerd door virussen moeten worden gewist. Dat is de taak, de taak van deze meisjes. Echter, op een dag, voelen Dual en Dorothy de aanwezigheid van een nieuw virus. Aangekomen op de locatie van het virus, zien ze een meisje dat wordt aangevallen door virussen. Na het redden van het meisje, wacht het duo tot ze ontwaakt, en kunnen ze vragen wie ze is, waar ze vandaan komt en waar ze heen gaat. Wanneer het meisje wakker wordt, zegt ze dat ze haar naam Rimo is en fluistert slechts één zin: "Ik moet terug naar de bloem patch."
Er zijn twee jaar verstreken sinds Bem, Bela en Belo verdwenen. Bem leeft nu het leven van zijn dromen met een vrouw en kinderen. Alleen heeft hij een nieuwe naam en geen herinnering aan zijn mensachtige monsterverleden. Is dit echt huiselijk geluk of iets sinisters?
Yu Azuma, een middelbare scholiere, wil een idool zijn. Om haar droom te verwezenlijken stelt ze zichzelf vier regels: ze zal niet actief zijn op sociale media, ze zal geen vriendje hebben, ze zal niet opvallen op school, en ze zal vriendschap sluiten met mooie meisjes uit het noorden, het zuiden, Oost en West.
Haruka Nanase houdt van water! Samen met zijn vrienden Makoto, Nagisa en Rei richt hij de Iwatobi Swimming Club op, waar hij vrijelijk zijn eigen zwemstijl kan ontwikkelen. Samen met hun oude vriend Rin en zijn team van de Samezuka Swimming Club doen ze mee aan een grote verscheidenheid aan competities. Maar wat gebeurt er met het team nadat ze van school zijn afgestudeerd?
De cyborg Kisaragi wordt achtervolgd door een organisatie van onsterfelijke vampiers die een verdeeld Tokio willen veroveren. De yakuza beloven hun vermoorde baas te wreken en de strijd aan te gaan.
Green Leaves Entertainment is een klein productiebedrijf in Sendai, Japan dat op het punt staat failliet te gaan. Het bureau beheerde ooit de carrières van goochelaars, foto-idolen, waarzeggers en andere entertainers, maar de laatst overgebleven klant stopte uiteindelijk. Geconfronteerd met het feit dat er absoluut niemand is om te vertegenwoordigen, bedenkt bureauvoorzitter Tange een plan om een idoolgroep op te richten, de groep van zeven meiden vormend die bekend staat als de 'Wake Up, Girls'.
Yukina besluit naar leden te zoeken om een groep te trainen en deel te nemen aan de Future World FES, een competitie die is gereserveerd voor de beste muziekgroepen, maar het pad zal worden bezaaid met valkuilen en jonge meisjes zullen elkaar moeten leren kennen voordat ze hoopt hun droom te bereiken. Zo begint het ontstaan van Roselia.
Rin Matsuoka houdt van zwemmen! Vooral zijn jeugdvriend Haruka wil hij koste wat kost verslaan. Maar dan komt zijn oude vriend Sosuke opdagen, hij is een eenzame vechter en wil Rin ervan overtuigen zich op zichzelf te concentreren. Voor iedereen breekt een turbulente tijd aan, waarin zij moeten beseffen wat voor hen werkelijk telt.
Na hun mislukkingen in verschillende competities, moeten de meisjes van Roselia een stap terug doen en zichzelf trakteren op een paar uitstapjes met vrienden. Ze kunnen zich dan concentreren op de volgende wedstrijd om zich te kwalificeren voor de Future World Fes, hun uiteindelijke doel.
Het succesvolle concert van Poppin'Party, Roselia en RAISE A SUILEN in de Budokan is voorbij. Kasumi en de anderen, die een blijvende indruk hebben achtergelaten op het podium van hun dromen, worden benaderd door een mysterieuze vrouw. Hun volgende podium is in het buitenland?! De muziek van Poppin'Party stopt nog niet!
In een overbevolkt mijnstadje woont cartograaf Kagari als onderdeel van de 'Hakoniwa', een groep mensen die zichzelf verhuren als mijnwerkers. In haar winkel tekent ze plattegronden die het vertakkende grottenstelsel rond en onder de stad moeten verbeelden. Samen met haar jeugdvriendin Yuya, die ernaar verlangt om te ontsnappen aan deze lage status en deze vertakte stad, onderzoekt ze een reeks vreemde zinkgaten die zich in de stad openen. In één klap hangt de hele toekomst van de Hakoniwa af van haar kartvaardigheden...
Hoewel hij getraumatiseerd is door getuige te zijn van de moord op zijn ouders door een van de Choushuu, leidt Ichimura Tetsunosuke"s dorst naar wraak hem naar kracht. Op 15-jarige leeftijd benaderde Tetsunosuke de Shinsengumi en wilde een van hun leden worden. Tetsunosuke miste echter de vaardigheid, het verstand en de wil om emotioneel iedereen neer te slaan die de vrede en de Shinsengumi bedreigde. Zelfs met de steun van zijn broer Tatsunosuke en zijn nieuwe vrienden van de Shinsengumi, wist Tetsunosuke niet hoeveel bloed en pijn hij zou moeten doorstaan als hij deel uitmaakte van deze historische groep.