Silent Sky is een film die de speciale afleveringen 13 en 14 combineert. Het bestaat uit het verhaal in de toekomst, drie maanden na het incident dat vergelijkbaar was met 'New Generation Madness' en de ziekte Chaos Child Syndrome die werd veroorzaakt door de afgelopen aardbeving in Shibuya.
Een apocalyptische blik op de mogelijkheid van een aardbeving met een kracht van 7 of hoger die de regio Tokio treft. Mirai, een eerstejaarsstudente op de middelbare school, gaat aan het begin van de zomervakantie met haar broer Yutaka naar het kunstmatige eiland Odaiba in Tokio voor een robottentoonstelling. Een krachtige beving ontstaat vanuit een trog in de oceaan, de beroemde Tokiotoren en de Regenboogbrug storten in en het landschap van Tokio verandert in een oogwenk. Met de hulp van Mari, een bezorgster op een motor die ze op Odaiba ontmoeten, proberen Mirai en Yutaka terug te keren naar hun huis in Setagaya in het westen van Tokio.
Shouta wordt via een mysterieus schoolzwembad teruggestuurd in de tijd naar zijn basisschooltijd. Hij ziet Konomi, een meisje dat uiteindelijk een nationaal populaire actrice zou worden, en andere schattige meisjes toen ze onschuldig en weerloos waren.
De dappere en standvastige Liyana woont met haar ouders en tweelingbroertjes in een hutje in Swaziland. Haar vader is vaak dronken en ontrouw. Hij loopt als gevolg daarvan het hiv-virus op dat hij doorgeeft aan zijn vrouw.