Net als de originele serie draait 'SPEC' om een paar rechercheurs bij de politie als onderdeel van een speciale divisie die moeilijke zaken oplost . Touma Saya is een vrouw met een IQ van 201 en een onvermogen om 'de sfeer te lezen' in sociale situaties. Vanwege een eerder geval zit haar linkerarm in een mitella. Haar partner Sebumi Takeru was de sterartiest van de Metropolitan Police. Na een incident werd hij echter overgebracht naar Mishou. Deze twee sporen daders op met speciale vaardigheden (SPEC) die erin slaagden weg te komen met hun misdaden.
Eindelijk voelt Emily Owens zich volwassen. Ze is afgestudeerd aan de medische faculteit en is nu eerstejaars coassistent in het Denver Memorial Hospital. Waarom blijft iedereen haar dan maar waarschuwen dat het ziekenhuis net als de middelbare school is?
De serie concentreert zich op een gevestigde inspecteur en zijn jonge collega uit de grote stad. Terwijl de een problemen vrij kalm en comfortabel oplost, is de ander zeer ambitieus en altijd verlangend om carrière te maken en Rosenheim uiteindelijk achter zich te laten. Tijdens het onderzoek naar de betreffende moordzaak vullen beide elkaar echter perfect aan en slagen ze er vaak in om in de laatste minuten een verdachte vrij te pleiten en de echte dader op te sporen.
Verken een wereld die nog nooit eerder werd gezien, een wereld verscholen onder kilometers water, het landschap van de zeebodem. Doe mee aan expedities in lang verloren gewaande schepen, ontdek oude ruïnes en volg de wetenschappers die de donkerste en diepste uithoeken van deze onderwaterwereld onderzoeken.
De actie speelt zich af in een alternatieve realiteit, waar sinds het begin van de jaren tachtig in Japan enorme robots worden vervaardigd, die de algemene naam 'Labors' hebben gekregen omdat ze zich bezighouden met civiel werk zoals de bouw. De proliferatie van deze robots leidde tot de noodzaak om politie-eenheden op te richten die daarin gespecialiseerd waren, en om politie-eenheden op te richten die gebruikt konden worden om de anderen te controleren, de 'Patlabors'. Het verhaal begint in 1998 en concentreert zich op de tweede speciale voertuigdivisie van de politie van Tokio.