Amanda Waller, het hoofd van overheidsinstantie A.R.G.U.S., is niet meer langer in staat om mensenlevens in gevaar te brengen voor haar geheime operaties. Omdat deze beslissing van het Congres van de Verenigde Staten een punt zet achter de Suicide Squad en het team van Peacemaker, moet Waller iets anders verzinnen. Ze besluit wederom een team samen te stellen, maar nu één bestaande uit monsters, waaronder Eric Frankenstein en de radioactieve Doctor Phosphorus. Generaal Rick Flag senior krijgt de taak om de Creature Commandos en hun gevaarlijke missies te leiden.
Een jonge CIA-agent, Annie Walker, wordt op mysterieuze wijze naar het hoofdkwartier geroepen om als veldagent te dienen. Hoewel Annie denkt dat ze promotie heeft gemaakt vanwege haar uitzonderlijke taalvaardigheid, kan het zijn dat er iets of iemand uit haar verleden is waar haar CIA-bazen echt op uit zijn. Auggie Anderson is een militaire inlichtingenagent van de CIA die tijdens haar opdracht blind werd en Annie's gids is in deze wereld van bureaucratie en opwinding.