Tien jaar na de Ceremoniële Strijd vertrekt een tienerjongen genaamd Judai Yuuki (Jaden Yuki) om zich aan te sluiten bij de Duel Academia (Duel Academie) op een afgelegen eiland voor de kust van Japan. Daar ontmoet hij zijn medestudenten en krijgt hij een paar vrienden, maar ook een paar vijanden. Judai wordt ingedeeld in de laagste rang, Osiris Red (Slifer Red), maar hij blijft zijn vaardigheden testen tegen de studenten en docenten om zijn waarde als Duelist te bewijzen en het respect van iedereen om hem heen te verdienen.
Ryuichi en zijn jongere broer Kotaro zijn wees geworden na de crash van het vliegtuig met hun ouders aan boord. Ze worden opgevangen door de directeur van de Morinomiya Academie, maar in ruil daarvoor zal Ryuichi lid moeten worden van de “babysitters club” en moeten zorgen voor de crèche die bedoeld is om voor de kinderen van de leraren te zorgen. Ryuichi is gewend om voor zijn kleine broertje te zorgen en doet het heel goed met kinderen, maar tegelijkertijd voor zes baby's zorgen is een andere zaak!
Sei Iori is een Gunpla-bouwer wiens familie een hobbywinkel runt in een klein stadje. Hij streeft ernaar om net als zijn vader een Gunpla Battle-kampioen te worden, maar ondanks zijn uitzonderlijke bouwvaardigheden mist hij de gevechtsvaardigheden om te concurreren met andere deelnemers. Op een dag ontmoet hij een mysterieuze jongen genaamd Reiji, die hem helpt zijn zelfvertrouwen bij deelname aan Gunpla Battles te vergroten. Samen vechten Sei en Reiji zich een weg naar het 7e Gunpla Battle World Tournament.
De vier Yuzuki-broers – Hayato, Mikoto, Minato en de jonge Gakuto – verloren twee jaar geleden hun ouders en werken nu om zichzelf groot te brengen. Samen leven, leren, vechten en vergeven ze zoals broers dat zouden moeten doen.
Het Gunpla Force Battle Tournament is een groot evenement dat één keer per jaar in GBN wordt gehouden. In de laatste ronde strijden Avalon, geleid door kampioen Kyoya Kujo, en de elite 7e Panzerdivisie onder leiding van de sluwe Rommel. Beginnend met Kyoya's Gundam AGE II Magnum, gaan verschillende Gunpla het veld op om te bepalen welke de sterkste kracht is!
Iedereen ter wereld gebruikt smartphone-apps, maar daarbinnen schuilen onbekende wezens genaamd App Monsters of "Appmon". De Appmon zijn AI-levensvormen met het vermogen om te denken en te handelen, en bevinden zich op de grens tussen de menselijke wereld en de digitale wereld. In de uitgestrekte zee van het internet neemt de "schurkachtige AI", ook bekend als Leviathan, de controle over de Appmon met het L-virus over en begint elk systeem te hacken, waardoor hij de controle over de menselijke wereld overneemt van de wereld van het net. Haru Shinkai wordt ertoe aangezet de Appli Drive te bemachtigen en gebruikt deze om Gatchmon, een zoek-Appmon, te materialiseren.
Tijdens het zomerfestival vijf jaar geleden ontmoetten twee meisjes elkaar bij een mysterieuze boom en zagen twee gloeiende bollen. Nu, deze twee meisjes - Saki Hyuga, topwerper in het softbalteam van de school; en Mai Mishou, die liever schetst dan sterren kijken, worden door de geesten van bloemen (Flappy) en vogels (Choppy) gekozen om de zeven fonteinen te herstellen en hun werelden te redden van de donkere herfst. Samen vormen ze de NIEUWE Pretty Cure.
Het speelt zich af in een kostschool van de middelbare school, genaamd Noble Academy. De hoofdpersoon Haruka Haruno is een 13-jarige eerstejaarsstudent. Haar grote droom is om ooit een prinses te zijn, omdat ze een prinses bewonderde in het prentenboek dat ze sinds haar jeugd heeft bijgehouden. Op een dag verandert ze in Cure Flora met de 'Dress Up Key' die Prins Kanata van Hope Kingdom haar gaf als geluksbrenger toen ze klein was. Dan vindt ze ook andere Pretty Cure-meisjes op haar school, de 14-jarige Minami Kaidou als Cure Mermaid en de 13-jarige Kirara Amanogawa als Cure Twinkle. Als het Princess Pretty Cure-team, met twee feeën Pafu en Aroma, vechten ze tegen de duistere heks Dyspear, die een hekel heeft aan alle dromen in de wereld en ze in wanhoop wil veranderen.
Gigi is een tovenaar prinses die uit het denkbeeldige land Fenarinarsa komt. Dit land is de thuisbasis van alle denkbeeldige personages en sprookjes, maar het wordt met uitsterven bedreigd omdat de mensen op aarde hun vermogen om te dromen hebben verloren en geen hoop meer hebben voor de toekomst. Om dit evenwicht te herstellen, sturen de koning en koningin van Fenarinarsa hun dochter Gigi naar de aarde om hun dromen en hoop voor de mens te herstellen. Hiervoor heeft ze een toverstaf die haar kan veranderen in een mooi jong meisje dat vrijwel alle bestaande beroepen kent. Maar Gigi is niet de enige die deze taak volbrengt, aangezien ze wordt vergezeld door drie dieren, eveneens afkomstig uit het denkbeeldige land.
Mirai Asahina, een dertienjarig meisje dat opgewonden raakt door verschillende dingen, gaat met haar knuffelbeer, Mofurun, om een mysterieus object te onderzoeken dat uit de lucht is gevallen. Daar ontmoet ze een jonge goochelaar genaamd Liko die op zoek is naar iets dat bekend staat als de Linkle Stone Emerald. Wanneer duistere dienaren van Dokuroxy op zoek gaan naar de Linkle Stone Emerald, slaan Mirai en Liko de handen ineen met Mofurun en veranderen ze in de legendarische tovenaars die bekend staan als de Pretty Cures om tegen hen te vechten. Zo gaat Mirai samen met Liko naar de Toverschool, waar ze moeten leren hoe ze magie moeten gebruiken terwijl ze ook de volgelingen van Dokuroxy afweren.
In een stad waar mensen zoveel van hun huisdieren houden dat het de bijnaam 'dierenstad' krijgt, is de jonge Iroha heel dicht bij haar kleine hond Komugi. Op een dag, terwijl een mysterieus gigantisch dier gromt en een hondenpark vernielt, verandert Komugi... in Pretty Cure! Mens en dier zullen hun krachten moeten bundelen om te ontdekken wat er achter deze vreemde aanvallen zit...
Anna Akechi is een 14-jarig meisje dat in het tweede jaar van de middelbare school zit en woont in Makoto Mirai City! Geleid door een fee genaamd Pochitan, die op haar verjaardag met een hanger in haar kamer verscheen, reist ze terug in de tijd van 2027 naar Makoto Mirai City in 1999...! Daar ontmoet ze Mikuru Kobayashi, een 14-jarig meisje dat ervan droomt een topdetective te worden! Plotseling gebeurt er iets!? Het lijkt erop dat iemand in de problemen zit nadat er iets belangrijks is gestolen...? Zou dit incident veroorzaakt kunnen zijn door de Phantom Thieves...? We kunnen mensen in nood niet negeren...! Met die gedachte in het achterhoofd transformeren Anna en Mikuru in de Star Detective Pretty Cure!! De Star Detective Pretty Cure zullen ieders glimlach beschermen met de kracht van deductie! Los dat mysterie op! Cure It! En zal Anna in staat zijn om terug te keren naar haar eigen tijd...!?