Jirô is een jongen met het vermogen om met dieren te praten. Opgegroeid bij zijn grootvader en getraind als ninja, wordt hij gemeden door anderen vanwege zijn anders-zijn. Hij vindt troost bij dieren en beschermt hen. Op een dag redt hij Ragô, een gewonde zwarte kat, maar ontdekt dat het geen gewone kat is, maar een mononoke, een geest die wordt opgejaagd door een mysterieuze organisatie. Zonder aarzeling besluit Jirô hem te helpen.
In een weeshuis dat magische moordenaars opleidt, rouwt Totsuki Shiina nog steeds om de dood van zijn partner. Hij negeert geruchten over Mimi, een raadselachtige en machtige studente, totdat hij op een dag een vreemd meisje ontmoet dat onder het bloed zit. Tot zijn verbazing komt ze de volgende dag bij zijn klas en stelt ze zich voor als Mimi.