The Rook volgt Myfanwy Thomas, een jonge vrouw die wakker wordt in een Londens park, zich totaal niets meer herinnert en achtervolgd wordt door schimmige paranormale vijanden. Ze worstelt met haar bovennatuurlijke vermogens en moet vechten om haar verleden na te gaan en haar positie terug te winnen binnen de geheime dienst van Groot-Brittannië, de Checquy. Dit alles voordat de verraders die haar geheugen hebben gestolen, kunnen afmaken waarmee ze begonnen zijn.
Vijf minuten in de toekomst realiseert een Amerikaanse inlichtingenanalist van de eerste generatie, Alexander Hale, zich dat zijn hersenen zijn gehackt. Hierdoor hebben de daders toegang tot alles wat hij ziet en hoort. Gevangen tussen zijn schimmige agentschap en de onbekende hackers, moet hij 24 uur per dag alert zijn.
Een jong stel is onlangs met tegenzin verhuisd naar het ouderlijke huis van de man. Hun wereld wordt op zijn kop gezet wanneer een nieuwe buurman aan de overkant van de straat komt wonen en oude geheimen van de doodlopende straat aan het licht brengt. Nieuwe dodelijke bedreigingen slaan hiermee de illusie van hun rustige buurtje aan diggelen.