Na de eerste twee namen op haar moordlijst te hebben doorgestreept vervolgt The Bride haar missie om wraak te nemen op haar vroegere handlangers: na O-Ren Ishii en Vernita Green is het nu de beurt aan Elle Driver, Budd en uiteindelijk haar baas Bill.
De huurmoordenaar 'The Bride' wordt op haar eigen bruiloft neergeschoten door haar opdrachtgever Bill en zijn handlangers. Ze overleeft de aanslag, maar door een kogel in haar hoofd ligt ze vier jaar in coma.
Mike Lowrey en Marcus Burnett van de politie van Miami krijgen een cruciale tip binnen over een belangrijke levering XTC-pillen vanuit Amsterdam. Het spoor leidt naar de Cubaanse nachtclubeigenaar Johnny Tapia. Die wordt al een tijdje verdacht van drugssmokkel, maar tot op heden is de politie er nog niet in geslaagd de vermoedens hard te maken. Naarmate het onderzoek van Mike en Marcus vordert, komen ze terecht in een grootschalige drugsoorlog tussen rivaliserende bendes uit de onderwereld.
Jack Sparrow, de afgedankte kapitein van het beroemde spookschip The Black Pearl, wil zijn schip terug. De nieuwe kapitein, Barbossa, ontvoert Elizabeth Swann tijdens één van hun veroveringen, omdat Elizabeth de enige lijkt die er voor kan zorgen dat de vloek van Cortez, die op Barbossa en zijn crew rust, wordt opgeheven.
Bruce Banner is een onderzoeker in een laboratorium. Hij werkt mee aan een geheim project om een machine te bouwen waarmee levende cellen gemanipuleerd kunnen worden. Tijdens een experiment gaat er iets mis met Bruce. Hij lijkt nog dezelfde, maar als hij kwaad wordt verandert hij in een groot, groen, gespierd monster: de Hulk! De vraag is of hij zich kan redden van het gehele Amerikaanse leger dat hem nu achterna zit.
Wanneer een onbekende, vermoedelijk een mutant met buitengewone krachten, de president aanvalt krijgen de mutanten met nog meer argwaan en discriminatie te maken dan al het geval was. Er komt bredere steun in de samenleving voor een registratieplicht voor mutanten. Militair leider William Stryker is één van de grootste voorstanders van dit plan, en leidt een aanval op de X-Men opleiding. De ontsnapte Magneto begint een opmerkelijke samenwerking met Professor Xavier om Stryker te stoppen. Ondertussen begint Wolverine een onderzoek naar zijn verleden.
Nadat Claw gevangen is genomen, verdwenen alle criminelen, totdat Claw ontsnapt! Gadget denkt dat hij de zaak krijgt, maar daar denkt de rest anders over. Er komt een nieuw Gadget project in de vorm van G2 en Gadget krijgt opdracht bij G2 en de plaatsen delict uit de buurt te blijven, maar vindt toch dat hij nodig is...
De nieuwe zoektocht voert het team vanuit de stoffige woestijnen van het zuidwesten naar de ijzige hoogten van de Scandinavische bergen. Onderweg komen ze tegenover enorme zeemonsters te staan en krijgen ze te maken met bijzondere geesten en krachtige legenden. Halverwege de reis ontdekt Kida de geweldige kracht van de betoverde kristallen uit haar stad en moet ze uiteindelijk beslissen of het verstandiger is om het Hart van Atlantis te verbergen of om het door te geven aan de rest van de wereld.
Wanneer de jonge wees Matt Murdock in aanraking komt met radioactief afval zorgt dit er voor dat hij niet meer kan zien. Hij heeft hier echter een 'radar-zintuig' voor terug gekregen. Jaren later is Murdock opgegroeid tot een gerespecteerde advocaat. Hiernaast heeft hij echter een geheime identiteit als Daredevil, de man zonder angst, waarmee hij het onrecht bestrijdt dat hem in de rechtszaal niet lukt.
Een ex-officier van de commanda's levert alles voor de juiste prijs, maar hij loopt gevaar als hij hoort dat zijn laatste lading uit levende waar bestaat.
Er is vier jaar verstreken sinds de agenten een grote ramp hebben weten te voorkomen, en Kay is sindsdien begonnen aan een simpel burger-leven. Jay, die nog steeds voor de overheidsinstelling Men In Black werkt, ontdekt dat het Kylothiaanse monster Serleena, vermomd als lingerie-model, een kwaadaardig plan heeft gesmeed. In een race tegen de klok moet Jay zorgen dat Kay weer terug keert naar zijn oude baan, ondanks dat hij zich hier niets van herinnert, om zo samen de vernietiging van de Aarde te voorkomen.
Een Italiaanse vissersboot redt een drenkeling uit de Middellandse Zee. De man lijdt aan geheugenverlies en weet niet wie hij is. Er zitten echter twee kogels in zijn rug en hij komt al snel tot de conclusie dat er geprobeerd werd hem te vermoorden.
Wanneer een aan Harvard afgestudeerde CIA-agent vermoord wordt tijdens een klus huurt de CIA zijn tweelingbroer in, die echter een jongen van de straat is. De CIA wil dat hij het project waar zijn broer mee is begonnen afmaakt. Maar aangezien de broer totaal geen ervaring heeft wordt er een ervaren agent ingehuurd om hem te trainen tot een 'echte' CIA-agent.
Padmé Amidala, die haar ambtstermijn als koningin van Naboo er op heeft zitten en nu een plaats in de senaat inneemt, ontsnapt tot tweemaal toe ternauwernood aan een aanslag op haar leven. Jedi-meester Obi Wan Kenobi's leerling Anakin krijgt de taak om haar te beschermen, en er begint iets moois te bloeien tussen de twee. Ondertussen onderzoekt Obi Wan de verbanden tussen de moordaanslagen, een separatistische beweging onder leiding van voormalig Jedi Count Dooku, en de bouw van een kloon-leger op een afgelegen planeet.
Bij het begin van de 21ste eeuw is de Amerikaanse multinational Umbrella Corporation uitgegroeid tot de absolute marktleider op het vlak van grensverleggende computertechnologie en het ontwikkelen van nieuwe geneesmiddelen. De politieke en economische invloed van het bedrijf op de samenleving is enorm. Slechts weinigen weten echter dat de onderneming zich voornamelijk bezighoudt met het onderzoek naar nieuwe biologische wapens en de genetische manipulatie van cellen. Wanneer er een dodelijk virus uitbreekt in 'The Hive', het geheime, ondergrondse labo van het bedrijf, stuurt de overheid een groepje elitesoldaten ter plaatse om te voorkomen dat de situatie uit de hand loopt.
De oorlog in Bosnië-Herzegovina is bijna voorbij, maar het Amerikaanse leger blijft met een vliegdekschip in de regio aanwezig. De missies van de piloten beperken zich echter tot eentonige verkenningsvluchten. Gevechtspiloot Chris Burnett krijgt met zijn co-piloot Stackhouse de opdracht te patrouilleren boven de veilige zone. Burnett kan zijn collega echter ompraten om af te wijken van hun koers en beelden te maken van de vreemde troepenbewegingen op de grond. De twee piloten worden er met afweergeschut onthaald en hun vliegtuig wordt geraakt. Ze gebruiken op tijd hun schietstoel, maar al snel staat Burnett er alleen voor: Stackhouse valt namelijk in de handen van de vijandelijke troepen.
2029: Astronaut Leo Davidson gaat voor een routine-missie aan boord van een cruiser op een ruimtestation. Hij komt echter plotseling in een wormgat terecht, en hij komt terecht op een vreemde planeet terecht waar apen over de mensheid regeren.
Rafe McCawley en Danny Walker kennen elkaar al sinds hun jeugd en hebben allebei de droom piloot bij de Amerikaanse luchtmacht te worden. Wanneer ze zich uiteindelijk kunnen aanmelden en goedgekeurd worden, wordt Danny ingedeeld bij een vliegsquadron bij Pearl Harbor, Hawaii. Rafe meldt zich vrijwillig aan bij een vliegsquadron in Engeland om te strijden tegen de nazi's. Hij laat naast Danny ook zijn vriendin Evelyn Johnson, die hij tijdens de medische keuring heeft leren kennen, in de V.S achter.
10 jaar na de gebeurtenissen in de vorige film hebben de nu getrouwde Rick en Evelyn zich gesetteld in Londen, samen met hun 9-jarige zoontje Alex. Als het lijk van Imhotep in het Britse Museum tot leven wordt gewekt, is de mummy opnieuw op zoek naar eeuwig leven. Rick en Evelyn moeten opnieuw proberen om de wereld te redden van het kwaad, en ondertussen moeten ze ook nog hun zoontje redden.