Italië, eind vijftiende eeuw. De pest, ofwel de Zwarte Dood, heeft voor veel dood en verderf gezorgd. Een vrouw, Benedetta Carlini genaamd, besluit om zich in een klooster te treden als novice in het dorpje Pescia, Toscane. In staat tot het verrichten van wonderen op jonge leeftijd heeft haar aanwezigheid een grote en blijvende impact op de rest van de gemeenschap.
Centraal staan drie periodes uit de Duitse geschiedenis. De jonge kunstenaar Kurt Barnert is gevlucht van Oost- naar West-Duitsland, maar wordt nog steeds achtervolgd door de herinneringen uit zijn kindertijd tijdens de Nazi-jaren.
Het verhaal gebaseerd op ware feiten speelt zich af begin de jaren veertig, bij het begin van de Tweede Wereldoorlog. Tom is een prille tiener wiens vader het huis heeft verlaten om voor zijn land te vechten.
Op 2 maart 1953, in het midden van de nacht, krijgt Joseph Stalin een beroerte. Stalin, "de vader van de mensen", regeerde met absolute macht over het volk van Rusland. Twee dagen later werd hij dood verklaard.
De film vertelt het verhaal van de twaalfjarige Storm Voeten, zoon van drukker Klaas Voeten, die in het geheim verboden lectuur drukt. Als Klaas door de Inquisitie wordt betrapt tijdens het drukken van een belangrijke brief van Maarten Luther, wordt Storm ongewild het middelpunt van de jacht op deze brief. Bedreigd door de Inquisitie en geholpen door Marieke, een katholiek weesmeisje uit de ondergrondse tunnels, moet Storm in een race tegen de klok zijn vader zien te redden van de dood als ketter.
Admiraal Michiel de Ruyter leidt de Nederlandse vloot in een strijd tegen Engeland, Duitsland en Frankrijk in een tijd toen de jonge republiek van Nederland op de rand was van een eigen burgeroorlog.
Tijdens de Tweede Wereldoorlog zijn de Zuid-Limburgse jongens Tuur (12) en Lambert (12) beste vrienden. Tuur zijn vader zit bij het verzet, Lambert zijn vader is NSB’er. Maartje (13), nieuw in het dorp, vertelt alleen Tuur dat ze Joods is. De vriendschap knalt uit elkaar en het noodlot slaat toe.
Hajo wil naar zee als scheepsjongen op het schip van schipper Bontekoe. Zijn moeder, die haar man op zee heeft verloren, doet er alles aan om hem aan wal te houden, maar de roep van de zee is te sterk en Hajo's aanwezigheid op het land brengt niets dan ellende. Padde, het onhandige vriendje van Hajo, kan geen afscheid van hem nemen. Hij springt vlak voor het vertrek aan boord en er wordt besloten dat hij meereist tot Harlingen, waar ze buskruit in moeten laden. Daar zal Padde met een tjalk mee terug naar Hoorn varen. Padde valt echter in slaap en wordt pas wakker als ze al op zee zijn. Aan boord sluiten Hajo en Padde vriendschap met Rolf, een jongen die al kan lezen en schrijven. Op hun tocht naar Oost beleven ze samen met schipper Bontekoe veel spannende avonturen.