Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.
Een werkloze man ontdekt dat zijn ex-vriendin is vermoord. Hij merkt dat hij plotseling door de tijd reist naar zijn middelbare schooltijd en heeft de kans om de toekomst te veranderen en het meisje te redden. Hij wil de top bereiken van de meest brutale criminele bende.
Tijdens het bijwonen van een bijeenkomst als hoofdinspecteur van het Public Security Bureau ontving Akane Tsunemori een rapport dat er een incident had plaatsgevonden op een buitenlands schip, en dit was het begin van een grote en onverwachte zaak.