Dit nieuwe project werd uitgevoerd om 10 jaar Code Geass-saga te vieren. Het verhaal volgt de plot van de samenvattingsfilms en negeert daarom bepaalde aspecten van de serie die daar niet zijn getranscribeerd. Het verhaal begint een paar maanden na de dood van Lelouch, in een wereld die eindelijk vrede heeft. In ieder geval qua uiterlijk. Tijdens een diplomatiek bezoek aan Zilkistan, een woestijnkoninkrijk, worden Zero en Nunnally plotseling aangevallen en ontvoerd.
Er vindt een grootschalige catastrofe plaats over de hele planeet. Ability-gebruikers worden ontdekt na het verschijnen van een mysterieuze mist, die blijkbaar zelfmoord hebben gepleegd, dus de Armed Detective Agency gaat op pad om deze mysterieuze sterfgevallen te onderzoeken. Bij de zaak lijkt een onbekende vaardigheidsgebruiker betrokken te zijn, genaamd 'Collector', een man die het brein achter het incident zou kunnen zijn. Vertrouwen en moed worden op de proef gesteld om de stad Yokohama en vaardigheidsgebruikers over de hele wereld te redden uit de greep van Collector, waar de Armed Detective Agency een onwaarschijnlijk partnerschap vormt met de gevaarlijke Port Mafia.
Tijdens het bijwonen van een bijeenkomst als hoofdinspecteur van het Public Security Bureau ontving Akane Tsunemori een rapport dat er een incident had plaatsgevonden op een buitenlands schip, en dit was het begin van een grote en onverwachte zaak.
Studenten van de Hosho Academy High School zaten aan boord van een vliegtuig toen het onder mysterieuze omstandigheden landde. De heldin, Oribe Mutsumi en haar klasgenoten spoelen aan land op een eiland. De overlevende passagiers besluiten te wachten op hulp, maar het eiland blijkt bewoond te zijn door gigantische insecten. Mutsumi wordt wakker op een strand en vindt haar klasgenoot Matsuo Ayumi en samen gaan ze op zoek naar voedsel. In de overtuiging dat er binnen drie dagen hulp zal komen, besluiten ze tot die tijd te volharden.
Een vluchtige droom is verborgen in de paarse waas en geruchten dwarrelen als rook door de stad Kuragari. Wanneer die stad geconfronteerd wordt met een reeks vermissingszaken, is het niemand minder dan rechercheur Soutarou die deze mysterieuze zaak onder ogen ziet. Geen getuigen, geen motieven – het enige dat deze vermiste mensen met elkaar verbindt, zijn dubieuze voetafdrukken die nergens heen lijken te gaan. Pas als de rechercheur de conducteur van een gepantserde trein ontmoet, lijkt een doorbraak in dit geval binnen handbereik...