Na de tragische dood van haar zoon verliest Arlene alles, haar man, haar huis en begint ze gek te worden. Wanneer het mysterieuze Endeavour Institute haar de kans biedt om terug te reizen en dingen te veranderen, accepteert ze gretig en begint ze aan haar reis naar het verleden. Geplaagd door de herinneringen aan haar alternatieve realiteit, moet Arlene het echte van het valse scheiden zonder het delicate evenwicht te verstoren. Ze is niet voorbereid op de vreselijke prijs die ze moet betalen voor het redden van haar zoon.
Provincie Buenos Aires, Argentinië, 2101. De wereld is geteisterd door een biologische oorlogvoering. Een man wordt wakker in de woestijn en kan zich niets herinneren van zijn vorige leven.
Via de mutant Jimmy heeft men een 'geneesmiddel' voor mutatie uitgevonden. Voor het eerst in hun leven hebben mutanten nu een keus: hun krachten, waardoor ze niet geaccepteerd worden door de samenleving, behouden of hun krachten opgeven zodat ze menselijk worden. Ondertussen probeert Magneto een leger mutanten bij elkaar te krijgen om het geneesmiddel te vernietigen en ontdekken Charles Xavier en zijn mutanten dat Jean Grey terug is. Maar ze is niet helemaal zichzelf.
Wanneer een onbekende, vermoedelijk een mutant met buitengewone krachten, de president aanvalt krijgen de mutanten met nog meer argwaan en discriminatie te maken dan al het geval was. Er komt bredere steun in de samenleving voor een registratieplicht voor mutanten. Militair leider William Stryker is één van de grootste voorstanders van dit plan, en leidt een aanval op de X-Men opleiding. De ontsnapte Magneto begint een opmerkelijke samenwerking met Professor Xavier om Stryker te stoppen. Ondertussen begint Wolverine een onderzoek naar zijn verleden.
Mutanten, mensen met een afwijkende genetische opmaak, die hen zeer bijzondere krachten geeft. Sommige mensen zien het als een geschenk uit de hemel, anderen als een vloek. Professor Charles Xavier en zijn team behoren tot die eerste groep en proberen op Xavier's school jonge mutanten te laten opgroeien met hun speciale krachten. Maar niet iedere mutant gebruikt zijn krachten voor goede doeleinden. Zo wil de mensenhatende Eric Lensherr, alias Magneto, zijn krachten gebruiken om de mensheid uit te roeien. Het is aan Xavier en zijn team om Magneto te stoppen.
Vier jaar na de gebeurtenissen in de eerste Jurassic Park film verklapt John Hammond aan Ian Malcolm dat er nog een ander eiland was vol dino's. Deze zijn verder met rust gelaten, en Hammond is erg benieuwd naar de dieren in een natuurlijke omgeving.
Een groep ervaren mariniers steelt een lading wapens van het leger, maar vindt een robot uit de Koude Oorlog die hen achtervolgt, vastbesloten om zijn missie te vervullen. Niets kan deze dodelijke moordmachine stoppen.
Vijf wetenschappers ontwaken uit een cyrogene slaap en ontdekken dat ze vast zitten in een ondergrondse faciliteit. Omdat ze niet meer weten wie ze zijn of hoe lang ze hebben geslapen, beginnen ze te beseffen dat ze deel uitmaken van een wetenschappelijk experiment dat mogelijk verkeerd is afgelopen. Na een reeks vreemde gebeurtenissen leren de wetenschappers dat ze worden opgejaagd. Ze hebben geen idee wie het is en wat de reden is. De mogelijkheid bestaat dat één van hen de moordenaar is.
Dr. Alan Grant wil graag zijn dinosaurus-onderzoek voortzetten. Hij wordt door de rijke avonturier Paul Kirby en zijn vrouw Amanda uitgenodigd om als gastheer op te treden bij een tour over Isla Sorna.