Inmiddels zijn er 22 jaar verstreken sinds de gebeurtenissen uit Jurassic Park. Het eiland Isla Nublar is eindelijk omgebouwd tot een volledig functionerend pretpark genaamd Jurassic World. Owen maakt deel uit van een groep medewerkers die niet alleen werkt in Jurassic World, maar ook op het eiland woont.
Fallen Kingdom volgt Owen en Claire die enkele jaren na de gebeurtenissen van Jurassic World terugkeren naar Isla Nublar. Een vulkaan op het eiland dreigt uit te barsten en vormt een gevaar voor de overgebleven dinosaurussen.
In een alternatief 1985 zijn superhelden in de ban gedaan door de Amerikaanse federale overheid. Waar voorheen superhelden tot het algemene Amerikaanse straatbeeld behoorden, heeft de overheid het superheldenbestaan illegaal verklaard. Wanneer één van zijn oud- collega's in deze onrustige dagen van de Koude Oorlog wordt vermoord, start de gemaskerde burgerwacht Rorschach een onderzoek. Langzaam maar zeker brengt dit een duister complot aan het licht.
In het midden van de 21e eeuw heeft de mens een nieuw type computer ontwikkeld, dat zich bewust is van zijn eigen bestaan. Deze vorm van kunstmatige intelligentie wordt onder andere gebruikt in robots. Eén van deze robots, een jongen, hoopt een echt mens te worden, om zo de liefde van zijn pleegmoeder terug te winnen.