Zwei reisde naar een nieuwe stad om een nieuw leven te beginnen. Daar ziet hij voor het eerst het meisje van zijn dromen, Ein. Vreemd genoeg ziet hij haar al op 500 meter afstand, terwijl ze gehurkt achter een militair sluipschuttersgeweer zit dat gangsters uitschakelt. Al snel komt Zwei's griezelige alertheid onder de aandacht van Eins werkgevers, en hij krijgt een simpele keuze: trainen om huurmoordenaar te worden, of gemarkeerd worden als Eins volgende doelwit.
Genki, een 11 -jarige jongen, wordt getransporteerd naar het virtuele universum van een nieuwe videogame, 'Monster Rancher', waar hij een jong meisje, Holly en een geel monster, Suezo zal ontmoeten. Samen zullen ze proberen het Moo Monster te verslaan dat de wereld van 'Monster Rancher' heeft veroverd door wezens te transformeren in echte kwaadaardige monsters en zullen ze de 'Phoenix' moeten vinden die het enige monster lijkt te zijn dat de situatie kan redden ...