Een oude man genaamd Jiya brengt een nieuwe rekruut mee, een bescheiden pinguïn genaamd Manmaru, om deel te nemen aan een 300-jarige strijd tussen de drie ninja clans die in de bergen wonen die hij bezit. Maar de anderen, de laffe Tsuenjiro (vos) en de opvliegende Tanutaro (wasbeer), zijn teleurgesteld als ze horen dat de nieuwste stagiair niets anders is dan een beleefde, zo niet schilferige pinguïn. En niet zomaar een pinguïn, maar een pinguïn met dromen om profvoetballer te worden!
De serie draait om een jongen genaamd Matt, die samen met zijn vader, buurmeisje en een monstertje een speciaal team vormt genaamd Monster Agency. Dit team moet de wereld beschermen tegen buitenaardse monsters. Hiervoor beschikken ze over een groot arsenaal hulpmiddelen.
De monsters in de serie zijn vaak meer een hinder dan dat ze echt een gevaar vormen voor mensen.
Sinds het tijdperk veranderde van Edo naar Meiji, is Japan snel aan het veranderen dankzij het moderniseringsbeleid van de huidige regering. Kyoto waar de Expo werd gehouden. De overheid heeft vergunningen afgegeven aan monsters die samen met mensen leefden. Er was een bedrijf dat ongeregistreerde monsters arresteerde om de vrede te bewaren. De naam van het bedrijf is 'Kido Shinsengumi Co. Ltd.' Ondertussen kwam een jonge kerel vanuit Shanghai terug naar Kyoto met zijn monstermaatje Nekomaru. Hij was Sakamoto Ryunosuke, de zoon van Sakamoto Ryoma.
In het dorp Kasumi Kogen is de Shinobi Gakuen een academie die gespecialiseerd is in de training van kunoichi, of vrouwelijke ninja"s, die de beste studenten uit heel Japan samenbrengt. De jonge Hinata Himawari is nieuw op school en heeft trouw en bescherming gezworen aan de man die ze als haar mentor beschouwt, Marikôji Hayato, een nieuwe leraar aan wie een mysterieus verleden haar kan binden. Verliefd op haar leraar zal Himawari er alles aan doen om hem te beschermen tegen de problemen veroorzaakt door zijn collega"s en tegen het dagelijks leven op de academie.