In 2061 wordt Japan door meerdere staten bezet. De wereld, inclusief Japan, is geconsolideerd onder de heerschappij van vier handelsblokken. De hele archipel is nu de frontlinie van conflicten. Het Japanse volk leeft onder een staat van voortdurende bezetting en onderdrukking, waarbij mensachtige oorlogsmachines, AMAIM genaamd, door de straten patrouilleren. Een jonge, introverte jongen genaamd Amō Shiiba heeft een toevallige ontmoeting met de autonome AI Gai, en zijn verwerving van de AMAIM Kenbu begint een verhaal waarin hij zal proberen Japan terug te veroveren. Gashin Tezuka is een terughoudend en openhartig 16-jarig lid van het Japanse verzet dat de AMAIM Ghost bestuurt om zijn vader te wreken.
Haruto Bouida is een hardcore otaku die geen interesse heeft in driedimensionale meisjes. Op een dag brengt hij een figuur van zijn favoriete Nona mee naar huis - maar plotseling begint ze te bewegen! Dit is het begin van het huwelijksleven tussen een otaku en zijn robot(?)-Vrouw!
In de Sengoku-periode heeft Oda Nobunaga een geheim wapen: het begaafde ninjameisje Chidori, dat hij ooit van de verdrinkingsdood heeft gered. Het gepassioneerde jonge meisje is vastbesloten om Nobunaga te steunen in zijn campagnes op weg naar de eenwording van Japan!
Het speelt zich af in een kostschool van de middelbare school, genaamd Noble Academy. De hoofdpersoon Haruka Haruno is een 13-jarige eerstejaarsstudent. Haar grote droom is om ooit een prinses te zijn, omdat ze een prinses bewonderde in het prentenboek dat ze sinds haar jeugd heeft bijgehouden. Op een dag verandert ze in Cure Flora met de 'Dress Up Key' die Prins Kanata van Hope Kingdom haar gaf als geluksbrenger toen ze klein was. Dan vindt ze ook andere Pretty Cure-meisjes op haar school, de 14-jarige Minami Kaidou als Cure Mermaid en de 13-jarige Kirara Amanogawa als Cure Twinkle. Als het Princess Pretty Cure-team, met twee feeën Pafu en Aroma, vechten ze tegen de duistere heks Dyspear, die een hekel heeft aan alle dromen in de wereld en ze in wanhoop wil veranderen.
Naru is een middelbare scholiere die in alle opzichten gemiddeld is. Ze houdt van sprookjesheldinnen, hoewel ze nooit de moed heeft gehad om aan haar gewone leven te ontsnappen. Op een dag ziet ze Hannah, een transferstudent, dansen in het maanlicht en raakt ze geïnspireerd om Yosakoi-dansen te leren.
Aoba Watasa zit op de middelbare school en leidt een normaal leven. Op de eerste dag na de zomervakantie wordt hij aangevallen door een robot. Terwijl hij door de stad ontsnapt, verschijnt zijn klasgenoot Hina plotseling in haar eigen mecha. Ze redt hem en vertelt hem iets mysterieus: 'Dio wacht op je' en verdwijnt dan. Dus Aoba begint een nieuw leven als piloot voor de Free Treaty Alliance tegen de Zogiria-republiek.
In een wereld die vergelijkbaar is met de onze, zijn er naast normale mensen ongeveer 5% mensen met speciale vaardigheden, genaamd “Espers”. Op enkele uitzonderingen na staan normale mensen vijandig tegenover espers.
Een onconventionele criminele organisatie genaamd P.A.N.D.R.A. heeft zichzelf tot doel gesteld de espers te beschermen en de wereld van al het kwaad te verlossen. Op hun basis, een cruiseschip, vangen en beschermen ze kinderen en andere mensen met speciale vaardigheden.
Op hun missie redden ze een mysterieuze esper genaamd Andy Hinomiya, die zich na zijn redding bij de groep voegt.