Nadat het Heath Oslo-incident de Amerikaans-Japanse antiterreurorganisatie CIRS aan het licht heeft gebracht, ontstaat er een nieuw agentschap om eliteagenten op te leiden: SORD. De Mihama Academie, ooit verlaten, maakt nu deel uit van een reeks SORD-oefenterreinen waar meisjes hun dodelijke vaardigheden kunnen aanscherpen. Gewapend met scherpe munitie worden ze geconfronteerd met gevaarlijke missies, waarbij ze hun veiligheid opofferen voor de toekomst van het land.
De duistere en zelfbenoemde kluizenaar Momoyuki Mogura is verbannen uit het hiernamaals. Nu verzamelt hij door geesten bezeten lichtjes in zijn lantaarn om een weg terug te vinden. Blijkbaar begint iedereen die hem tegenkomt vreemde dingen te zien.
Zeven jaar nadat de mensheid werd verwoest door een grote ramp, stijgt een baken van wetenschap en welvaart in Kamitsubaki City. Maar op de loer in zijn schaduwen zijn Tesseractor Monsters geboren uit menselijke duisternis. Alleen de heks, vijf meisjes met zuiveringslied, staan tegen hen. Met elke noot vechten ze, niet alleen om de vrede van de stad te beschermen, maar om een gebroken wereld te genezen.
Robotachtige indringers hebben al het leven weggevaagd, maar Renge vecht om te overleven met behulp van haar krachten. Zonder herinneringen zwerft ze door de stad totdat ze vijf andere jonge vrouwen ontmoet, elk met unieke vaardigheden. Samen halen ze het beste uit hun leven en koken ze heerlijke maaltijden tussen gevechten met mechanische wangedrochten. Terwijl ze de geheimen van hun krachten en verleden ontdekken, vinden ze kracht in hun vriendschap.
In een stad waar mensen zoveel van hun huisdieren houden dat het de bijnaam 'dierenstad' krijgt, is de jonge Iroha heel dicht bij haar kleine hond Komugi. Op een dag, terwijl een mysterieus gigantisch dier gromt en een hondenpark vernielt, verandert Komugi... in Pretty Cure! Mens en dier zullen hun krachten moeten bundelen om te ontdekken wat er achter deze vreemde aanvallen zit...
De verre toekomst. Na het bereiken van haar hoogtepunt nam de wereldbevolking af. AI is ontwikkeld om de soorten te helpen behouden en het ecosysteem te beheren; een groots experiment in menselijke diversiteit. Door genetische manipulatie werd een breed scala aan volkeren, waaronder beesten, magische wezens en meer, gecreëerd om in een diverse stad te leven, gescheiden in ommuurde 'clusters'.
Elk cluster ontwikkelde een unieke cultuur, passend bij de mensen die er woonden. Hun leven, en het systeem, wordt voortdurend onderhouden door de AI om te overleven.