Katana Maidens: Mini Toji is een chibi-spin-off van de originele anime Toji no Miko. Naast de bekende personages rond Kanami en Hiyori uit de originele anime, bevat deze spin-off anime ook nieuwe personages uit de smartphonegame Toji no Miko: Kizamishi Issen no Tomoshibi. Deze keer ligt de focus niet op een epische strijd tegen de Aradama, maar op het dagelijkse leven van de meisjes tussen en na hun inspannende missies.
Nadat het leger van het Magic Mineral Empire hun thuisland, het Bloemenrijk, heeft aangevallen, moeten de feeën Himawari en Tsubaki vluchten naar de stad Romangai. Hier leven ze een paar jaar in vrede, maar op een dag wordt Himawari's vriend Ajisai ontvoerd. Himawari en Tsubaki gaan samen op pad om hun vriend te redden, maar de gevreesde soldaten van het Magic Mineral Empire staan hen in de weg!
Six Gravity en Procellarum zijn twee rivaliserende mannelijke idoolgroepen die toevallig in hetzelfde studentenhuis wonen. Six Gravity bestaat uit jonge mannen die de maanden december tot en met mei vertegenwoordigen, terwijl de leden van Procellarum de maanden juni tot en met november vertegenwoordigen. Volg het dagelijkse leven van deze twaalf jonge mannen terwijl ze omgaan met de stress van afgoderij, school en samenleven.
Op een afgelegen eiland ligt de elite kostschool 'St. Alphonso Academy'. Daar kunnen rijken, aristocraten of mensen met een speciaal talent in alle rust hun dagelijkse studieleven tegemoet treden, beschermd tegen paparazzi. De studenten leven geïsoleerd van de andere eilandbewoners, daarom worden ze 'Marginale Prinsen' genoemd. Achter deze idylle zijn echter duistere krachten aan het werk, die ook de nieuwkomer Yuta opmerkt. Hij wordt begroet door een tiener genaamd Joshua Grant op een wit paard en naar de Academie geleid.
Op de eerste dag van het jaar 1995 verdwijnt een straaljager uitgerust met de nieuwe G-Reaction-motor, die buitengewone snelheden kan bereiken, op mysterieuze wijze nadat hij is geraakt door een krachtig licht. Vijf jaar later ontmoeten Billy Kimura en Penny Carter elkaar op een station waar een nieuwe bullet train met de G-Reaction-motor wordt geïntroduceerd. Tot algemene verbazing doet een lichtstraal de trein verdwijnen. Na een reeks soortgelijke gebeurtenissen realiseren de jongens zich dat het een buitenaardse invasie is die van plan is de aarde binnen te vallen. Gelukkig ontwikkelen wetenschappers de Sky Knight, een straaljager die de enige lijkt te zijn die in staat is om de vijand aan te vallen. De invasie lijkt aanstaande.
In een niet zo verre toekomst, waarin planeten in de hele Melkweg met elkaar verbonden zijn door spoorwegen, zijn er twee krachten die treinpassagiers beschermen: Space Panzer Grenadiers (SPG) en de Space Defense Force (SDF).
Het verhaal gaat over Manabu Yuuki, die ervan droomt zich bij de SDF aan te sluiten en in de voetsporen van zijn vader te treden. Er zijn echter obstakels onderweg en zijn moeder verbiedt hem omdat Manabu Yuuki's broer en vader ooit zijn omgekomen tijdens gevechten voor de SDF.
Na het overlijden van de wereldberoemde wijncriticus Toyotaka Kanzaki laat hij een benijdenswaardige collectie achter. In zijn testament is zijn nalatenschap bestemd voor degene die het merk en het jaartal van de twaalf beste wijnen die hij selecteerde, en de legendarische wijn die bovenaan staat, "Drops of God", correct raadt. De uitdagers zijn Toyotaka's zoon, Shizuku Kanzaki, en een jonge criticus, Issei Tomine, die door Toyotaka is geadopteerd.
In het jaar 2025 vielen enorme beesten van buiten de Melkweg de aarde aan. In de daaropvolgende oorlog vocht de mensheid terug met een gigantische robot genaamd Yukio, bestuurd door Tetsuo Yabusame. Terwijl de enorme buitenaardse zwerm de thuisplaneet van de mensheid naderde, trokken Tetsuo en de Aardse Defensiemacht ten strijde tegen de invallende horde. Ze verloren…
Yukio werd vernietigd in de strijd en Tetsuo overleefde in een ontsnappingscapsule. Na acht jaar in een kunstmatige slaap landt de capsule eindelijk terug op aarde. Maar wanneer Tetsuo tevoorschijn komt, treft hij een wereld in puin aan, volledig bevroren onder een deken van ijs en sneeuw – Sneeuwbal Aarde! Wat is er met de mensheid gebeurd, hoe is de planeet bevroren geraakt en zal Tetsuo zijn laatste belofte aan Yukio kunnen nakomen?