Het toneel van dit verhaal is de stad Mamkestell, die tot grote welvaart kwam door de energiebronnen van Kisa en de Kiseki -kristalvorm. Jonge vrouwen, genaamd 'heksen', leven in deze stad die Kisa en Kiseki gebruiken voor spreuken en melodieën om hun magie te oefenen. Met hun vaardigheden en zingen vechten ze tegen Monsters, wat hen een hoge reputatie bij de bevolking oplevert. In de meisjesschool, die werd opgericht door de heks worden jonge meisjes opgeleid als heksen. Wanneer Tiara op de poort van de heksenschool klopt, is het haar grootste droom om een uitstekende heks te worden. 'Ik wil echt leren op deze school en ... wat?!'
Mei Ayazuki, een gewoon middelbare scholiere, wordt het voorwerp van genegenheid voor een stel knappe historische figuren wanneer ze per ongeluk terugreist naar Tokio tijdens het Meiji-tijdperk.
Tadashi Satomi is een virtueel idool onder de naam μ, en haar missie is om de bittere gevoelens en ontevredenheid van haar gebruikers te bevredigen. Ze gelooft dat de mensheid voortdurend moet lijden en daarom lokt ze met haar muziek mensen naar de virtuele wereld van Mobius. Maar dat is voor haar niet genoeg: ze sluit mensen op in deze wereld zodat ze bevrijd worden van het lijden van de werkelijkheid en al hun wensen uitkomen.
Ren Homura keert terug naar zijn voormalige woonplaats, maar hij voelt zich erg ongemakkelijk: hij heeft geen herinnering dat hij daar heeft gewoond. Zonder waarschuwing of zijn toestemming installeert een spel genaamd 'Monster Strike' zichzelf op Rens smartphone; monsters van het spel vliegen dan letterlijk uit zijn smartphone en beginnen op straat te vechten. Ren kijkt verbaasd naar de gevechten en begint zijn verloren herinneringen op te halen.
Niemand weet waar ze vandaan kwamen - maar plotseling waren ze onder ons, de Zoanoids - Super Monster Soldiers uit een andere wereld. Tijdens zijn onderzoek ontdekt CIA-agent Reed een mysterieus plan om het menselijk ras uit te roeien. Het spoor leidt naar de excentrieke miljardair Balcus, die macabere biogenetische experimenten laat uitvoeren in de laboratoria van jullie 'Chronos Corporation'. De enige kans om de freaks onder de knie te krijgen is de Guyver: een hightech instrument dat de drager bovennatuurlijke krachten geeft. Maar de Gyuver is verdwenen. Als het in de verkeerde handen valt, is alles verloren.
Op een regenachtige dag ontmoet Fuji een schattig beestje dat zich voordoet als een hond en een paraplu en een keu-kaart aanbiedt met de tekst: "Breng me alsjeblieft naar huis\
Leticia Dorman, dochter van een hertog, is niet zo blij om verloofd te zijn met een kroonprins. Ze was al sinds haar kindertijd verloofd en opgeleid om koningin te worden, en ze hoopte altijd dat prins Clarke op een dag voor iemand anders zou vallen. Dus als hij met een andere vrouw op een bal verschijnt, trekt Lettie zich opgewonden terug op het platteland om haar nieuwe leven te beginnen - alleen voor Clarke om te verschijnen, vastbesloten om haar hart te winnen.
Nadat Mito haar ouders verliest en wordt ontslagen, moet ze vermomd als jongen voor zichzelf zorgen op straat. Ze komt een vreemdeling tegen die Ruka heet en ontdekt zijn duistere geheim: hij is een vampier! Ruka nodigt Mito, nog steeds vermomd, uit om in een jongensslaapzaal te komen wonen. Mito ruilt haar bloed in voor een plek om te verblijven, maar een ontluikende romance en haar ware identiteit bedreigen alles wat op het spel staat.
In 2061 wordt Japan door meerdere staten bezet. De wereld, inclusief Japan, is geconsolideerd onder de heerschappij van vier handelsblokken. De hele archipel is nu de frontlinie van conflicten. Het Japanse volk leeft onder een staat van voortdurende bezetting en onderdrukking, waarbij mensachtige oorlogsmachines, AMAIM genaamd, door de straten patrouilleren. Een jonge, introverte jongen genaamd Amō Shiiba heeft een toevallige ontmoeting met de autonome AI Gai, en zijn verwerving van de AMAIM Kenbu begint een verhaal waarin hij zal proberen Japan terug te veroveren. Gashin Tezuka is een terughoudend en openhartig 16-jarig lid van het Japanse verzet dat de AMAIM Ghost bestuurt om zijn vader te wreken.
Haruto Bouida is een hardcore otaku die geen interesse heeft in driedimensionale meisjes. Op een dag brengt hij een figuur van zijn favoriete Nona mee naar huis - maar plotseling begint ze te bewegen! Dit is het begin van het huwelijksleven tussen een otaku en zijn robot(?)-Vrouw!