De 11-jarige Milton Adams groeit op in een onzekere wereld. Omdat zijn ouders zich slechts focussen op hun loopbaan en hun financiën en de bullebak uit de wijk hem voortdurend pest heeft Milton het gevoel dat zijn hele wereld in een crisis verkeert.
Tiener Jacob volgt aanwijzingen, die hem naar een mysterieus eiland leiden. Daar ontdekt hij de ruïnes van Miss Peregrine’s school voor bijzondere kinderen. Terwijl hij de verlaten gangen en slaapkamers verkent, ontdekt hij dat de bewoners ongelofelijke krachten bezaten.
Wanneer Eva haar verjaardag viert, ontdekt ze de waarheid van wie ze echt afstamt. Sinds generaties heeft haar moeders familie een oud amulet en de kracht van een heks aan een meisje doorgegeven op haar 18de verjaardag.
Nadat hij zijn beste vriend Charlie op kerstavond heeft verloren, waagt Bobby Whiteside zich naar het meer waar ze winterhockey speelden. Bij het scheppen van het ijsoppervlak ontdekt hij een magische, perfect verzorgde hockeybaan die alleen 's nachts in zijn aanwezigheid verschijnt. Wanneer een ontwikkelingsbedrijf een stuk grond aan het meer gaat kopen, bundelt Bobby de krachten met zijn middelbare schoolliefde om de stad bijeen te roepen voor een laatste spelletje op de nachtvijver.