Lelouch alias Zero staat met zijn rug tegen de muur: niet alleen is zijn kleine zusje Nunnally, die alles voor hem betekent, ontvoerd en zijn voormalige beste vriend Suzaku negeert al zijn hulpkreten, ook de Orde van de Zwarte Ridders lijkt te zijn langzaam het vertrouwen in hun leider verliezen. Lelouchs hoop om zijn vader, de keizer, omver te werpen, vervaagt. De enige optie die hem rest in dit alles-of-niets-politieke schaakspel is het verslaan van het imperium dat hij van binnenuit haat. Maar in deze laatste beslissende strijd zal hij niet alleen het hoofd moeten bieden aan zijn tirannieke vader, maar ook aan zijn moeder, waarvan men dacht dat ze dood was, en Nunnally, die zich heeft afgekeerd van Lelouch...
Sinds Rikka werd gered door een Gridman, een superagent uit een andere dimensie, is haar leven veranderd. Ze heeft niet alleen enorme krachten, maar ze heeft ook een geheime connectie met een angstaanjagend monster. Middelbare scholier Yuta Hibiki kent Rikka's kracht en besluit zijn gevoelens toch aan haar op te biechten. Maar dan duiken er nieuwe gevaren op en begint er een nieuw gevecht.
Terwijl een meedogenloze indringer dreigt hun volk tot slaaf te maken en de Kaaba, een heilig heiligdom, te vernietigen, neemt het volk van Mekka de wapens op. Omdat ze slechts een kleine strijdmacht kunnen verzamelen tegen het enorme leger, lijkt een nederlaag vrijwel onvermijdelijk. Aus, een ogenschijnlijk eenvoudige pottenbakker die vecht om zijn familie te beschermen, wordt gedwongen zijn duistere verleden te onthullen. Abraha's leger nadert snel en het lot van Mekka en zijn inwoners staat op het spel. Zullen de inwoners van Mekka het kolossale leger verslaan met niets anders dan hun eenvoudige verdedigingswerken en hun liefde voor hun stad?
Er zijn twee jaar verstreken sinds Bem, Bela en Belo verdwenen. Bem leeft nu het leven van zijn dromen met een vrouw en kinderen. Alleen heeft hij een nieuwe naam en geen herinnering aan zijn mensachtige monsterverleden. Is dit echt huiselijk geluk of iets sinisters?