Gebaseerd op de roman Tottòi van Gianni Padoan. Sardinië is rijk aan prachtige stranden en mysterieuze grotten die bekend staan als het leefgebied van een bijzonder soort zeehond die op de rand van uitsterven staat. Nadat hij naar dit eiland is verhuisd, bezoekt Tottoi, gefascineerd door de natuur, elke dag verschillende stranden en grotten. Wanneer hij in een afgelegen grot een zeehondenwelp en zijn moeder aantreft, wordt hij verrast door de humoristische bewegingen en onschuld van het welp en de waardigheid van zijn moeder. Tottoi raakt al snel gehecht aan de zeehonden, maar zijn geheim wordt onthuld aan harteloze volwassenen. In naam van het behoud wordt een plan ontwikkeld om ze te vangen voor een aquarium. Nu zijn de waardigheid en de trots van de wilde zeehond in gevaar. Hoe pijnlijk het ook is voor Tottoi om gescheiden te worden van zijn kleine vrienden, hij moet vechten voor het welzijn van de wilde zoogdieren en ze vrij de zee in laten gaan.
Tijdens het wandelen door de straten van Tokyo, komt Linn Suzuki een vreemd apparaat tegen dat uit de stoep steekt. Plotseling wordt ze omringd door een stel misdadigers en wordt ze geholpen door een mooie vreemdeling, die alle misdadigers verslaat. Het lijkt erop dat de jonge Linn is gevlucht uit Deep Kyoto van haar wrede meesteres en is ze naar Edo gereisd, waar ze hoopt haar verloren gewaande broer, die het laatst werkzaam was voor de Kuon Detective Agency, te vinden. Bij toeval, blijkt de vreemdeling die haar net redde Miho Kuon te zijn en laat Linn bij haar blijven en geeft ze de bijnaam Kotetsu, of Little Tetsu na haar broer, Tetsujin). Echter, een mysterieus agentschap genaamd het Syndicaat zitten Miho en Linn na.