Tensai Bakabon is al bijna 20 jaar uit de ether! Wat moet een papa doen in moeilijke tijden zoals eind 2010? Wat dacht je ervan om elke regel in de anime-boeken te overtreden, beroemde gasten erbij te betrekken en een onzinnig kijkje te nemen in de kleine dingen van het moderne leven, zoals allerlei games, blind dates en de mogelijkheid dat een serie uit het Showa-tijdperk het nu zou kunnen halen! Is dit echt hoe het zou moeten zijn?!
Six Gravity en Procellarum zijn twee rivaliserende mannelijke idoolgroepen die toevallig in hetzelfde studentenhuis wonen. Six Gravity bestaat uit jonge mannen die de maanden december tot en met mei vertegenwoordigen, terwijl de leden van Procellarum de maanden juni tot en met november vertegenwoordigen. Volg het dagelijkse leven van deze twaalf jonge mannen terwijl ze omgaan met de stress van afgoderij, school en samenleven.
Op een afgelegen eiland ligt de elite kostschool 'St. Alphonso Academy'. Daar kunnen rijken, aristocraten of mensen met een speciaal talent in alle rust hun dagelijkse studieleven tegemoet treden, beschermd tegen paparazzi. De studenten leven geïsoleerd van de andere eilandbewoners, daarom worden ze 'Marginale Prinsen' genoemd. Achter deze idylle zijn echter duistere krachten aan het werk, die ook de nieuwkomer Yuta opmerkt. Hij wordt begroet door een tiener genaamd Joshua Grant op een wit paard en naar de Academie geleid.
Op de eerste dag van het jaar 1995 verdwijnt een straaljager uitgerust met de nieuwe G-Reaction-motor, die buitengewone snelheden kan bereiken, op mysterieuze wijze nadat hij is geraakt door een krachtig licht. Vijf jaar later ontmoeten Billy Kimura en Penny Carter elkaar op een station waar een nieuwe bullet train met de G-Reaction-motor wordt geïntroduceerd. Tot algemene verbazing doet een lichtstraal de trein verdwijnen. Na een reeks soortgelijke gebeurtenissen realiseren de jongens zich dat het een buitenaardse invasie is die van plan is de aarde binnen te vallen. Gelukkig ontwikkelen wetenschappers de Sky Knight, een straaljager die de enige lijkt te zijn die in staat is om de vijand aan te vallen. De invasie lijkt aanstaande.
Kazuto is een normale jongen: hij ziet er normaal uit, hij runt samen met zijn zusje een badhuis en hij bezit een stukje ziel van een buitenaardse prinses. Hoe is dit zo gekomen?
Valkyrie, prinses van een verre planeet, stort met haar ruimte zweefvliegtuig neer in Kazuto's badhuis. De botsing verwondt hem dodelijk, en Valkyrie besluit zijn leven te redden door hem een stukje van haar ziel te geven. Er zijn maar twee voorwaarden: ze moet bij hem blijven, anders zullen zowel zij als Kazuto sterven. Omdat haar ziel verzwakt is, transformeert ze mentaal en fysiek terug in een basisschoolleerling.
De Aquarion, een gigantisch gemechaniseerd vecht pak, is het beste wapen van de mensheid tegen interstellaire bedreigingen. Menselijke piloten trainden en werkten samen om Shadow Angels, binnenvallende ontvoerders en kinetische energiemonsters gedurende duizenden jaren te verslaan. Nogmaals, de mensheid moet zich wenden tot de Aquarion. Zal het pak, nu het lot van de aarde op het spel staat, genoeg zijn om de mensheid te redden?