In »Hakuoki: Demon of the Fleeting Blossom«, de bewerking van het gelijknamige otomespel, gaat de jonge Chizuru Yukimura op reis van Edo naar Kyoto op zoek naar haar vermiste vader. Maar daar ontmoet ze de leden van de beruchte Shinsengumi en raakt ze verstrikt in de politieke gebeurtenissen die zich afspelen in het midden van de negentiende eeuw.
Goro Kumagaya is een gevestigde, lange keeper van de middelbare school die naar de Yokonan High School wilde gaan, die tot de elite behoort op het gebied van voetbalclubs, maar faalde en belandde in de lager gerangschikte school tegenover Yokonan als gevolg van een ongeval. Daar ontmoet hij echter Shingo, Hideki en Kazuhito Oda, allemaal goede voetballers.