Urashima, een eiland ver van het vasteland. De mensen die er wonen leiden een zorgeloos leven. Maar vijf jaar geleden kregen de drie grote families van het eiland te maken met een reeks tegenslagen en vielen ze ten prooi aan verdenking. De bevolking van het eiland verbrak alle contact met het vasteland en begon een langzame achteruitgang. De sleutel tot het redden van het eiland ligt in drie meisjes die tot de drie families behoren. Maar ze zijn gebonden aan oude tradities en zijn met elkaar in conflict. Op dat eiland spoelt een eenzame man aan. De man beweert uit de toekomst te komen en hij begint een eenzame strijd om het lot van het eiland te veranderen.
Konohana Kitan is het hartverwarmende verhaal van een nieuwe leerling genaamd Yuzu, en de andere vossenmeisjes die werken in een warm water bron hotel genaamd Konohatei. Het personeel van Konohatei leeft één overtuiging na: wie je ook bent, wat er ook gebeurt, iedereen die te gast is, is een god. Natuurlijk geldt dat ook voor jou. Laat de gastvrijheid van Yuzu en de Konohatei je vermoeide ziel genezen.
Voorheen waren bovenmenselijke wezens in Japan alleen bekend via boeken en verhalen. Dit veranderde 20 jaar na de oorlog, in het denkbeeldige Tijdperk der Goden, toen Japan deze wezens tegenkwam: titanen uit de ruimte, levensvormen uit een mystieke wereld, fantomen en goblins uit de oudheid, cyborgs uitgevonden door wetenschappers, relikwieën die uit oude ruïnes tot leven waren gewekt, en nog veel meer.
Het Overpopulation Research Laboratory, ook wel bekend als het Superhuman Bureau, is opgericht door de Japanse overheid om supermensen te identificeren, te monitoren en te beschermen. Dit blijkt geen gemakkelijke taak, aangezien sommigen hun bestaan geheim houden en zelfs in het diepste geheim vechten. Anderen maken echter geen geheim van hun bestaan en hebben zelfs een zekere populariteit in de maatschappij verworven. Midden in dit alles staat Hitoyoshi Jirou, een man die bij dit Superhuman Bureau werkt.
Het gaat over de testpiloten en Monteurs van de 'tactische oppervlaktejagers' -eenheid in Alaska van de troepen van de Verenigde Naties. De Japans-Amerikaanse piloot Yuuya Bridges van het Argos testteam is het hoofdtester van de 'XFJ-projecten', het initiatief dat de nieuwste straaljagers ontwikkelt.
Keiichirō Nagumo was een geniale rechercheur op de middelbare school. Geen zaak was hem complex genoeg. Maar wat gebeurt er met geniale rechercheurs als ze ouder worden? Nu, 35 jaar oud, met slechte heupen, een falend recherchebureau zonder zaken om op te lossen en moeite om de huur te betalen, zit hij op een dood spoor. Dan komt er een middelbare scholiere op zijn kantoor die zegt dat ze met hem wil werken. Zal de wereldvreemde, ouderwetse Nagumo met haar hulp het vuur van zijn jeugd terugkrijgen?
Sumireko Ogawa's droom om romanschrijver te worden wordt nieuw leven ingeblazen met nieuwe geruchten over mystieke incidenten. Ze werkt nu als klerk in een boekwinkel en vraagt haar jonge collega, Ren Adashino, om stedelijke legendes, zwarte magie en spookverhalen in de stad te onderzoeken. Sumireko heeft een talent voor het teweegbrengen van magische gebeurtenissen, en Ren heeft zelf een duister geheim. Zullen zij hun onderzoek ongeschonden overleven?
De toekomst is hier en er leeft een nieuwe soort onder de mensen: mensachtigen. Deze robotwezens zijn net als de mens zeer bewust en lijden aan unieke kwalen. Gelukkig kan Dr. Hikaru Sudo helpen. Hij zweert de mensachtigen te behandelen, zelfs met middelen die als illegaal kunnen worden beschouwd, waardoor hij een dubbelleven leidt. Maar wanneer vreemde ziekten opduiken als gevolg van deze coëxistentie, vervagen ethische lijnen.
In een welvarende stad genaamd Russell City begint zich een voorteken af te tekenen dat de wereld dreigt te doen wankelen. Een man genaamd Sword is de eerste die de eerste aanwijzingen van het complot hoort, en stort zichzelf in een schaduwoorlog om het bloot te leggen. Zijn enige aanwijzing is het sleutelwoord 'El Dorado.' Hij ontmoet Sophie, een vrouw die op zoek is naar haar vermiste oudere broer, die haar alleen maar achterlaat met dezelfde woorden: 'El Dorado.' Nu Sword in het verleden ook zijn jongere zus heeft verloren, worden beiden tot elkaar aangetrokken door de woorden en werken ze samen om de betekenis ervan te achterhalen.
ChäoS;Child vindt plaats in oktober 2015, zes jaar na de gebeurtenissen van ChäoS;HEAd. In het district Shibuya beginnen zich abnormale gebeurtenissen voor te doen, waaronder mysterieuze sterfgevallen.