De anime begint met uitwisselingsstudent Tatsuma Hiyuu die arriveert op Magami High School. De schooldelinquent Kyouichi Houraiji daagt hem uit om in de klas te vechten. Houraiji is een zwaardvechter en Hiyuu is bedreven in vechtsporten. De aanvoerder van de worstelclub, Yuuya Daigo, wil ook zijn krachten testen met Hiyuu en ze ontmoeten elkaar in een vervallen gebouw vlakbij de school. Maar de ontmoeting van de drie blijft niet onopgemerkt, want studentenvertegenwoordiger Aoi Misato en de vrouwelijke aanvoerder van de Kyudo-club Komaki Sakurai willen voorkomen dat de jongens gaan vechten. Plots verschijnen er vreemde vlekken op de huid van de vijf studenten en verschijnt er een demon. Ze slagen erin hem te verslaan, maar zijn daarna niet slimmer dan voorheen. Waar komen deze vlekken op haar huid vandaan? Wie zit er achter de demonenaanvallen? En waarom hebben ze plotseling deze speciale vaardigheden en krachten?
Wanneer de zomervakantie begint, denkt Haruka er alleen maar aan om rond te hangen met haar vrienden – totdat ze op een noodlottige avond ontdekt dat zij de sluitsteen is in een interdimensionale strijd om niet alleen de toekomst van de aarde, maar om het voortbestaan van al het bestaan in het multiversum.
De legendarische huurmoordenaar Juzo Ogami heeft nog nooit een opdracht gefaald. Maar na een missie wordt hij gestoken door een mysterieuze wesp en ontwaakt hij in het lichaam van een 13-jarige jongen! En alsof dat nog niet vreemd genoeg is, krijgt hij een bizarre nieuwe opdracht: infiltreren op een middelbare school. Nu moet de eens zo gevreesde huurmoordenaar de chaos van het schoolleven zien te combineren met zijn dodelijke werk, terwijl hij ook nog een manier zoekt om zijn volwassen lichaam terug te krijgen!
Helemaal alleen na het einde der dagen rijden twee meisjes door de desolate ruïnes van Japan, maar ze zijn niet van plan om de ineenstorting van de beschaving de bezienswaardigheden in de weg te laten staan! Van de warm waterbronnen van Hakone tot de enorme Tokyo Big Sight, ze hebben de populairste toeristische plekken van het land helemaal voor zichzelf, dus waarom zou je er niet het beste van maken?
Op een regenachtige dag ontmoet Fuji een schattig beestje dat zich voordoet als een hond en een paraplu en een keu-kaart aanbiedt met de tekst: "Breng me alsjeblieft naar huis\
Takumi, een begenadigd chef-kok, heeft zojuist een nieuwe baan gekregen. Hij werkt in het appartementencomplex Astro Manor dat ontbijt aanbiedt, en daar ontmoet hij de prachtige hospita: Mira. Het is liefde op het eerste gezicht en hij hoopt haar te charmeren, maar de eigenzinnige huurders en bizarre verschijnselen maken het hem niet gemakkelijk. Hij komt er zelfs bij toeval achter dat Mira in het geheim een buitenaards wezen is! Zal hun liefde deze onaardse eigenaardigheden overleven?
Haruka Asahina is een tiener op de middelbare school die racet in de Formule 4. Hij kruist het pad met een aangespoelde fotograaf, Kōya Madoka, die besluit Haruka te helpen zijn droom te verwezenlijken en het podium te bereiken. Het is druk en de concurrentie is hevig. Racen voor het door een familie gerunde Komaki Motors-team betekent dat Haruka de auto, en zichzelf, tot het uiterste moet drijven om de aandacht van topteams te trekken. Zet je schrap, het is tijd om te racen!
In het tijdperk waarin de samoerai Japan controleerden... vernietigden de Gemaskerde Demonen op één na alle leden van de Shinsengumi, die hadden gewerkt om de vrede en de openbare orde in Kyoto te handhaven. Zeven criminelen worden gekozen als vervangers voor de overleden Shinsengumi-leden, en ze worden geleid door Ichibanboshi, wiens ouders ook werden vermoord door de gemaskerde demonen. Hij wordt een vervanger voor commandant Isami Kondo en gaat samen met de andere vervangers achter de gemaskerde demonen aan om de dood van zijn ouders te wreken. Voormalige criminelen komen in opstand om de vrede en orde te herstellen terwijl hun gekke verhaal begint! Dit is het moment om het helderst te stralen!
Een verhaal dat begint wanneer een echtgenoot die tien jaar geleden zijn geliefde vrouw verloor en de zin van het leven verloor, en zijn dochter zich onverwacht herenigen met hun vrouw/moeder. Wanneer zijn vrouw als tienjarige basisschoolleerling herboren wordt, wordt het gezin herboren.
Tomari Hinowa is een normale middelbare scholier, totdat hij op een dag te horen krijgt dat hij de vrouw moet worden van een mysterieus wezen genaamd Kanenogi. Dit is het begin van hun pasgetrouwde leven.
Toen Natsuno Hanabi terugging naar haar geboorteplaats om op de middelbare school te studeren, dacht ze dat ze een nieuw prachtig leven zou hebben. Maar Tachibanakan, de slaapzaal waar ze zou gaan wonen, was niet wat ze had verwacht.
Het jonge meisje Cardia draagt een dodelijk gif in haar lichaam dat dingen smelt waarmee ze in contact komt. Als een 'monster' wordt ze gevreesd en gedwongen een leven van eenzaamheid en isolement te leiden. Op een nacht, wanneer ze bijna gevangen wordt genomen door het Britse leger, ontmoet ze een man genaamd Arsène Lupin, die zichzelf omschrijft als een 'gentleman dief'. Onder begeleiding van Lupin baant ze zich een weg naar Londen, waar ze veel verschillende mensen ontmoet en onverwachte avonturen beleeft. Terwijl ze samen met Lupos en Co. acteert, begint Cardia langzaam de geheimen rond haar eigen lichaam en haar verloren herinneringen te ontrafelen. Wat zit er achter de waarheid en de wens van het meisje dat wordt beschreven als een monster?
Tijdens het zomerfestival vijf jaar geleden ontmoetten twee meisjes elkaar bij een mysterieuze boom en zagen twee gloeiende bollen. Nu, deze twee meisjes - Saki Hyuga, topwerper in het softbalteam van de school; en Mai Mishou, die liever schetst dan sterren kijken, worden door de geesten van bloemen (Flappy) en vogels (Choppy) gekozen om de zeven fonteinen te herstellen en hun werelden te redden van de donkere herfst. Samen vormen ze de NIEUWE Pretty Cure.