Op een maan verlichte nacht bevindt Akira Masaki zich in een magische wereld waar tovenaars en mensen naast elkaar bestaan. Elk jaar moeten ze worden geconfronteerd met een enorme, dodelijke maan die de planeet aanvalt. Hun enige hoop ligt bij de tovenaars van de wijze, benoemd om de bovennatuurlijke dreiging te bestrijden. Maar Akira ontdekt al snel dat ze niet toevallig werd opgeroepen - ze werd gekozen om hen in de strijd te leiden.
In een stad waar mensen zoveel van hun huisdieren houden dat het de bijnaam 'dierenstad' krijgt, is de jonge Iroha heel dicht bij haar kleine hond Komugi. Op een dag, terwijl een mysterieus gigantisch dier gromt en een hondenpark vernielt, verandert Komugi... in Pretty Cure! Mens en dier zullen hun krachten moeten bundelen om te ontdekken wat er achter deze vreemde aanvallen zit...
Mysterieuze wezens terroriseren een eiland en dwingen de lokale bevolking hun eens zo bloeiende huis te ontvluchten. Omdat er geen overheidsgeld is voor het uitroeien van monsters, koopt Tajima het enige overgebleven bouwbedrijf en transformeert het voor deze taak. Gelukkig komen de briljante Testuro Okino en zijn nieuwe robot, Bullbuster, hen te hulp. Maar het team heeft een krap budget. Kunnen zij het eiland redden?
De verre toekomst. Na het bereiken van haar hoogtepunt nam de wereldbevolking af. AI is ontwikkeld om de soorten te helpen behouden en het ecosysteem te beheren; een groots experiment in menselijke diversiteit. Door genetische manipulatie werd een breed scala aan volkeren, waaronder beesten, magische wezens en meer, gecreëerd om in een diverse stad te leven, gescheiden in ommuurde 'clusters'.
Elk cluster ontwikkelde een unieke cultuur, passend bij de mensen die er woonden. Hun leven, en het systeem, wordt voortdurend onderhouden door de AI om te overleven.
Op zoek naar de wereldberoemde goochelaar en familievriend Mamoru Hoshisato gaat de jongen Makoto Shiranui naar Tokio. Hij wil dat hij hem als leerling onder zijn hoede neemt. Sinds hij een show van Mamoru en zijn vrouw zag, droomde hij ervan een goochelaar te worden. Haar dochter Kana - bijgenaamd Hatena - is een jeugdvriendin van Makoto. Hoewel er in Tokio een reeks inbraken is gepleegd door een mooie dief, vindt Makoto gemakkelijk vrede in de aanwezigheid van Hatena. Wanneer hij aankomt bij de Hoshisato-residentie, een spookvilla, begroeten de butler Jeeves en de meid Emma hem en wordt hij herenigd met Hatena. Het blijkt echter dat de twee niet meer zo goed met elkaar overweg kunnen als vroeger.
Het verhaal gaat over een jongen die een gewoon leven leidt. Op een dag vindt hij een zeer sterke en intelligente mechanische arm genaamd 'Mecha-ude'. Na enkele vreemde gebeurtenissen wordt “Mecha-ude” een deel van de jongen en begint hun leven vol strijd. De jongen en zijn “Mecha-ude” vechten samen om hun band te versterken. Ze ontmoeten ook nieuwe vrienden die vechten met hun eigen “Mecha-ude”. Hiervan heeft één meisje twee “Mecha-ude” die uit haar rok komen. De twee zullen binnenkort andere “Mecha-ude”-gebruikers tegenkomen die op zoek zijn naar het geheim van “Mecha-ude”.
Tokio, 2030. In een buitenwijk is plotseling een hoogfrequente resonantie hoorbaar, en tegelijkertijd is de hele stad in een rode mist gehuld. Alle levende wezens die de geluiden horen, zowel mensen als dieren, verliezen het bewustzijn. Aangenomen wordt dat het fenomeen een ongeïdentificeerd virus is, dus uit angst voor een zich verspreidende epidemie is Tokio afgesloten van de rest van het land. Ongeveer zes maanden later worden alle mensen die het bewustzijn hebben verloren wakker alsof er nooit iets is gebeurd. Diezelfde dag vinden er echter vreemde incidenten plaats en wordt de stad overspoeld door een reeks wrede lotsbestemmingen.
Wanneer Haru en zijn metgezellen terugkeren naar het hoofdkwartier van Arc End Division 8, de organisatie die verantwoordelijk is voor het elimineren van de wezens genaamd Spirals, ontdekken ze dat de locatie gesloten is. Blijkbaar heeft iemand geld gestolen van het hoofdkwartier terwijl ze weg waren en moest het sluiten. Nu kunnen alleen zij, hun voormalige leider en een andere metgezel werken aan de wederopbouw van Divisie 8.