Dit deel speelt zich 100 jaar af na het eerste deel en de boze 'tree-demon' is weer terug. Dit keer moeten een boeddhistische priester en zijn leerling, hun krachten bundelen tegen de kwade geesten. Hierbij worden ze geholpen door de geest Lotus (Joey Wong) en door de op geld beluste zwaardvechter Yin.
In mei 1945 stort het vliegtuig van de Britse piloot Peter Carter neer, waarbij hij eigenlijk om zou moeten komen. De Dood kan hem door alle mist echter niet snel vinden, terwijl Carter intussen verliefd wordt op de Amerikaanse June, met wie hij radiocontact onderhoudt.
Tegen de waarschuwingen van haar vader in gaat Crysta, de nieuwsgierige boomfee, op zoek naar de wereld achter FernGully. Ze ontdekt Zak, een levensgroot mens, die bezig is om het regenwoud te vernietigen. Wanneer Zak oog krijgt voor de schoonheid en magie van FernGully, zweert hij dat hij het zal beschermen.
Toneelschrijver in spe Richard Collier ontmoet tijdens zijn afstudeeropvoering een oude vrouw die hem een horloge cadeau geeft en fluistert: 'kom bij me terug'. Jaren later, onder invloed van een writer's block, logeert hij in een oud hotel waar hij in een vitrine een 70 jaar oude foto van een mooie jonge vrouw ziet.
Ebeneezer Scrooge is geen fijn gezelschap: hij is chagrijnig, vrekkig en egoïstisch. Op kerstavond krijgt hij bezoek van drie geesten, die hem telkens zijn verleden laat, heden toekomst openbaart.
Ginger (16 jr) en Brigitte (14 jr) zijn 2 zusters en alles behalve normale tieners. Ze zijn gefascineerd door de dood, hebben een hekel aan alles en iedereen, worden door hun omgeving met de nek aangekeken en … hebben nog nooit gemenstrueerd! Dit alles verandert wanneer Ginger op een nacht door een wild beest wordt aangerand. Langzamerhand voltrekt zich een ware transformatie: ze begint jongens te verleiden, ze wordt seksueel actief en bovendien ondergaat haar lichaam vreemde veranderingen… Ze begint wolfachtige kenmerken te vertonen! Brigitte ziet het gevaar van de 'nieuwe' Ginger en probeert haar zusje te redden voordat Ginger doordraait…
Het IJslandse koppel, Maria en haar man Ingvar, woont samen met hun schapen op een mooie maar zeer afgelegen boerderij. Wanneer ze een mysterieuze pasgeborene ontdekken op hun erf besluiten ze het te houden en op te voeden als hun eigen vlees en bloed. Dit onverwachte vooruitzicht als nieuw gezin brengt hen veel vreugde, maar zal hen uiteindelijk ook vernietigen.