Drie kinderen komen per ongeluk terecht in een eivormige teletijdmachine en stranden vijfenzestig miljoen jaar terug ergens in een nest dinosauruseieren. Ze zien als eerste een gigantische T-Rex die hen aankijkt. De kinderen zijn echter verbaasd dat ze niet als maaltijd dienen, maar dat de T-Rex hen als haar kinderen ziet. Ze zullen nu een manier moeten vinden om terug te reizen voor de eieren uitkomen. Op hun reis komen ze ondertussen allerlei prehistorische wezens tegen.
Het Koninkrijk van Katoren wordt na het overlijden van de geliefde koning al jaren geregeerd door corrupte ministers die de macht niet willen afstaan. Totdat de jonge Stach (Mingus Dagelet) zich bij hen meldt om de nieuwe koning van Katoren te worden. Stach, die geen ouders meer heeft en opgevoed is door Gervaas, de voormalige dienaar van de koning, krijgt een kans. De ministers sturen hem het land in met vijf gevaarlijke en onmogelijke opdrachten. Als hij alle opdrachten volbrengt kan hij koning worden. Hij wordt tijdens zijn spannende missie op de voet gevolgd door de mooie, kritische journaliste Kim die verslag uitbrengt voor de krant. Op zijn avontuurlijke reis leert Stach de duistere kanten van Katoren kennen, maar krijgt hij ook hulp van de vele kleurrijke inwoners van het land. Het volk begint in Stach te geloven, maar is hij bereid het ultieme offer te brengen?
Het begint allemaal met een langverwachte voetbalwedstrijd tussen Inazuma Legend Japan en Shinsei Inazuma Japan. Tenma en Mamoru staan serieus tegenover elkaar in het Holy Road-stadion, terwijl Ban en zijn vrienden op hun beurt een menigte LBX's achtervolgen. Het robotleger valt vervolgens het stadion binnen met als doel alles te vernietigen. De voetballers begrijpen de situatie niet volledig, maar willen actie ondernemen en proberen de talrijke aanvallers die uit de lucht komen uit te schakelen, met de hulp van de LBX's van Ban en zijn vrienden. Het verhaal van twee totaal verschillende universums die zich verenigen om tegen hun vijanden te vechten. De toekomst van de wereld ligt in hun handen.
Een enorme, tektonische verschuiving zorgt ervoor dat de zeespiegel begint te stijgen. Een microbioloog verzamelt zoveel mogelijk DNA van dieren en mensen als hij kan. Ondertussen bouwt het leger een ware ark, om zo het leven op Aarde te redden.
Wanneer Pitch, een gemene schurk met Boogeyman-trekjes, de wereld in pikzwarte duisternis wil onderdompelen, moeten de onsterfelijke Guardians voor het eerst hun bijzondere krachten bundelen om de hoop, het geloof en de verbeelding van alle kinderen te beschermen.