Thorin, de voormalige koning van Cantal, vergezeld door dwergen, Gandalf de tovenaar en Bilbo de Hobbit, probeert zijn voormalige koninkrijk van de Terres d'Auvergne te heroveren, nu in het bezit van de Mannen van Puy-De-Dôme. Maar het bedrijf zal met veel gevaren te maken krijgen.
Terwijl de mensheid zich herstelt van de grote schade die aangericht werd in Transformers: Dark of the Moon, zijn de Autobots en Decepticons nagenoeg van de Aarde verdwenen. Maar een kleine en machtige groep zakenmannen en wetenschappers proberen de grenzen van de menselijke technologie verder te verleggen dan ooit te voren. Verder zelfs dan ze kunnen beheersen.
Lupin en Jigen hebben hun zinnen gezet op een schat genaamd de Kleine Komeet, die zich in het zwaar versterkte land van Oost-Doroa bevindt. Tijdens de overval wordt Jigen bijna gedood door een sluipschutter genaamd Yael Okuzaki. Zijn specialiteit is het voorbereiden van grafstenen voor zijn doelwitten voordat ze worden geëxecuteerd. Er wordt gezegd dat niemand kan overleven nadat Yael hun grafsteen heeft gemaakt.
Het speelt zich af in een wereld waar liefde als illegaal wordt beschouwd en met een speciale procedure kan worden uitgeroeid. Met nog 95 dagen te gaan tot haar geplande behandeling, doet Lena Holoway het ondenkbare: ze wordt verliefd.
Honderd jaar in de toekomst moeten de nakomelingen van Daigo, Ian, Nobuharu, Souji, Amy en Utsusemimaru terugvechten tegen de nieuw leven ingeblazen Deboth.